أدت محاولة الانقلاب المبلغ عنها في جنوب السودان إلى استمرار القتال وسقوط مئات الضحايا.
كانت الحرب الأهلية في جنوب السودان حربًا أهلية متعددة الجوانب في جنوب السودان بين قوات الحكومة وقوات المعارضة. في ديسمبر 2013 ، اتهم الرئيس كير نائبه السابق رياك مشار وعشرة آخرين بمحاولة الانقلاب. ونفى مشار محاولته الانقلاب وفر لقيادة الحركة الشعبية لتحرير السودان في المعارضة. اندلع القتال بين الحركة الشعبية لتحرير السودان والحركة الشعبية لتحرير السودان في المعارضة ، مما أشعل فتيل الحرب الأهلية. تم نشر القوات الأوغندية للقتال إلى جانب حكومة جنوب السودان. لدى الأمم المتحدة قوات حفظ سلام في البلاد كجزء من بعثة الأمم المتحدة في جنوب السودان (UNMISS) ، وفي يناير 2014 تم التوصل إلى أول اتفاق لوقف إطلاق النار. استمر القتال وسيتبعه عدد من اتفاقيات وقف إطلاق النار. وقد توسطت في المفاوضات "إيغاد +" (التي تضم ثماني دول إقليمية تسمى الهيئة الحكومية الدولية للتنمية بالإضافة إلى الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة والصين والاتحاد الأوروبي والولايات المتحدة والمملكة المتحدة والنرويج). تم التوقيع على اتفاقية سلام عُرفت باسم "اتفاقية تسوية السلام" في أغسطس 2015. وعاد مشار إلى جوبا في عام 2016 وعُين نائبًا للرئيس. بعد اندلاع القتال مرة أخرى داخل جوبا ، فرت الحركة الشعبية لتحرير السودان في المعارضة إلى المنطقة الاستوائية المحيطة والتي كانت سلمية في السابق. استبدل كير مشار كنائب أول للرئيس مع تابان دينق جاي ، مما أدى إلى تقسيم المعارضة ، وأصبح القتال الداخلي للمتمردين جزءًا رئيسيًا من الصراع. كما أدى التنافس بين فصائل الدينكا بقيادة الرئيس وبول مالونج أوان إلى القتال. في أغسطس 2018 ، دخل اتفاق آخر لتقاسم السلطة حيز التنفيذ. في 22 فبراير 2020 ، أبرم الخصمان كير ومشار اتفاق وحدة وشكلوا حكومة ائتلافية ، قُتل حوالي 400 ألف شخص في الحرب بحلول أبريل 2018 ، بما في ذلك الفظائع البارزة مثل مذبحة بنتيو 2014. على الرغم من أن كلا الرجلين كان لهما أنصار من مختلف الانقسامات العرقية في جنوب السودان ، إلا أن القتال اللاحق كان له طابع عرقي. واتُهمت جماعة الدينكا التي ينتمي إليها كير بمهاجمة جماعات عرقية أخرى ، واتُهمت جماعة مشار العرقية ، النوير ، بمهاجمة الدينكا. نزح أكثر من 4 ملايين شخص ، منهم حوالي 1.8 مليون نازح داخليا ، وحوالي 2.5 مليون فروا إلى البلدان المجاورة ، وخاصة أوغندا والسودان. أدى القتال في قلب الأراضي الزراعية في جنوب البلاد إلى ارتفاع عدد الأشخاص الذين يواجهون المجاعة إلى 6 ملايين ، مما تسبب في مجاعة في عام 2017 في بعض المناطق. كما تعرض اقتصاد البلاد للدمار. وفقًا لصندوق النقد الدولي في أكتوبر 2017 ، انخفض الدخل الحقيقي إلى النصف منذ 2013 وكان التضخم أكثر من 300٪ سنويًا.