في 27 مارس 1999 ، أثناء قصف الناتو ليوغوسلافيا ، أسقطت وحدة من الجيش اليوغوسلافي (الكتيبة الثالثة من لواء صواريخ الدفاع الجوي رقم 250 ، والتي كانت تحت قيادة الكولونيل زولتن داني) طائرة شبحية من طراز F-117 Nighthawk تابعة للولايات المتحدة. القوات الجوية من خلال إطلاق صاروخ أرض-جو S-125 Neva / Pechora. طرد الطيار بأمان وتم إنقاذه بواسطة PJs التابعة للقوات الجوية الأمريكية أثناء إجراء البحث والإنقاذ. كانت F-117 ، التي دخلت الخدمة مع القوات الجوية الأمريكية في عام 1983 ، من أحدث المعدات ، وأول طائرة تشغيلية تم تصميمها باستخدام تقنية التخفي. ؛ بالمقارنة ، اعتبرت الدفاعات الجوية اليوغوسلافية قديمة نسبيًا. في عام 2020 ، صرح طيار من طراز F-117A ، خلال مقابلة ذكر فيها أيضًا أن الطائرة F-117A كانت "منخفضة الرؤية ، وليست غير مرئية" ، أن طائرته F- تم تدمير 117A بصاروخ أرض - جو يوغوسلافي في وقت ما بعد حادثة 27 مارس ، لكنها تمكنت من العودة إلى القاعدة. تشير بعض التقارير إلى أن هذا الحادث الثاني قد ارتكبته أيضًا البطارية الثالثة من لواء صواريخ الدفاع الجوي رقم 250 ، وهي نفس بطارية SAM التي أسقطت أول طائرة من طراز F-117.

كانت حرب كوسوفو نزاعًا مسلحًا في كوسوفو بدأ في 28 فبراير 1998 واستمر حتى 11 يونيو 1999. وخاضته قوات جمهورية يوغوسلافيا الفيدرالية (أي صربيا والجبل الأسود) ، التي كانت تسيطر على كوسوفو قبل الحرب ، وكوسوفو جماعة ألبانية متمردة تعرف باسم جيش تحرير كوسوفو. انتهى الصراع عندما تدخلت منظمة حلف شمال الأطلسي (الناتو) ببدء الضربات الجوية في مارس 1999 مما أدى إلى انسحاب القوات اليوغوسلافية من كوسوفو.

تشكل جيش تحرير كوسوفو في أوائل التسعينيات لمحاربة الاضطهاد الصربي لألبان كوسوفو. بدأ جيش تحرير كوسوفو حملته الأولى في عام 1995 عندما شن هجمات ضد سلطات إنفاذ القانون الصربية في كوسوفو. في يونيو 1996 ، أعلنت المجموعة مسؤوليتها عن أعمال التخريب التي استهدفت مراكز شرطة كوسوفو ، خلال تمرد كوسوفو. في عام 1997 ، حصلت المنظمة على كمية كبيرة من الأسلحة من خلال تهريب الأسلحة من ألبانيا ، في أعقاب تمرد تم خلاله نهب أسلحة من مراكز الشرطة والجيش في البلاد. في أوائل عام 1998 ، أدت هجمات جيش تحرير كوسوفو التي استهدفت السلطات اليوغوسلافية في كوسوفو إلى زيادة وجود القوات شبه العسكرية الصربية والقوات النظامية التي بدأت لاحقًا في شن حملة انتقامية تستهدف المتعاطفين مع جيش تحرير كوسوفو والمعارضين السياسيين ؛ قتلت هذه الحملة ما بين 1500 إلى 2000 مدني ومقاتل من جيش تحرير كوسوفو. وبعد فشل محاولات الحل الدبلوماسي ، تدخل الناتو ، مبررًا الحملة بأنها "حرب إنسانية". أدى هذا إلى طرد جماعي لألبان كوسوفو حيث واصلت القوات اليوغوسلافية القتال أثناء القصف الجوي ليوغوسلافيا (مارس - يونيو 1999). بحلول عام 2000 ، كانت التحقيقات قد استردت رفات ما يقرب من ثلاثة آلاف ضحية من جميع الأعراق ، وفي عام 2001 ، وجدت محكمة عليا تديرها الأمم المتحدة ومقرها كوسوفو ، أنه كانت هناك "حملة منهجية من الإرهاب ، بما في ذلك القتل والاغتصاب والحرق والإشعال. سوء معاملة شديدة "، لكن تلك القوات اليوغوسلافية حاولت إبعاد السكان الألبان بدلاً من القضاء عليهم ، وانتهت الحرب بمعاهدة كومانوفو ، بموافقة القوات اليوغوسلافية والصربية على الانسحاب من كوسوفو لإفساح المجال لوجود دولي. تم حل جيش تحرير كوسوفو بعد ذلك بفترة وجيزة ، حيث واصل بعض أعضائه القتال من أجل UÇPMB في وادي بريشيفو وانضم آخرون إلى جيش التحرير الوطني (NLA) والجيش الوطني الألباني (ANA) أثناء الصراع العرقي المسلح في مقدونيا ، بينما ذهب آخرون لتشكيل شرطة كوسوفو. بعد الحرب ، تم تجميع قائمة وثقت مقتل أكثر من 13500 شخص أو فقدهم خلال الصراع الذي دام عامين. تسببت القوات اليوغوسلافية والصربية في نزوح ما بين 1.2 مليون إلى 1.45 مليون من ألبان كوسوفو. بعد الحرب ، فر حوالي 200000 من الصرب والغجر وغيرهم من غير الألبان من كوسوفو وكان العديد من المدنيين الباقين ضحايا للانتهاكات. وظلت حملة قصف الناتو مثيرة للجدل. لم تحصل على موافقة مجلس الأمن الدولي وتسببت في مقتل 488 مدنياً يوغوسلافياً على الأقل ، بما في ذلك أعداد كبيرة من لاجئي كوسوفو.