بدأت الحرب العالمية الثانية في مقدونيا اليوغوسلافية مع غزو المحور ليوغوسلافيا في أبريل 1941. تحت ضغط الحركة الحزبية اليوغوسلافية ، بدأ جزء من الشيوعيين المقدونيين في أكتوبر 1941 حملة سياسية وعسكرية لمقاومة احتلال فاردار مقدونيا. رسميًا ، كانت المنطقة تسمى فاردار بانوفينا ، لأن اسم مقدونيا نفسه كان محظورًا في مملكة يوغوسلافيا. تم احتلالها في الغالب من قبل البلغاريين ، ولكن أيضًا من قبل القوات الألمانية والإيطالية والألبانية.

في البداية لم تكن هناك مقاومة منظمة لأن غالبية السلاف المقدونيين كانوا موالين للبلغارية. لم تبدأ في النمو إلا في عام 1943 مع استسلام إيطاليا والانتصارات السوفيتية على ألمانيا النازية. كان دور الشيوعيين البلغاريين ، الذين تجنبوا تنظيم المقاومة المسلحة الجماعية ، عاملاً رئيسياً. ظل تأثيرهم على منظمة الحزب المقدوني سائدًا حتى عام 1943 ، عندما أصبح من الواضح أن ألمانيا وبلغاريا ستهزمان.

في ذلك الوقت وصل مبعوث تيتو الخاص سفيتوزار فوكمانوفيتش إلى مقدونيا. كان على فوكمانوفيتش تنشيط النضال وإعطائه واجهة عرقية مقدونية جديدة. أدى ذلك إلى ظهور جيل الشباب من القادة الحزبيين المناهضين للبلغارية ، والذين كانوا موالين ليوغوسلافيا. شكلوا في عام 1943 جيش التحرير الشعبي لمقدونيا والحزب الشيوعي المقدوني. في الجزء الغربي من المنطقة ، شارك الألبان الثوار أيضًا في حركة المقاومة.

بعد أن غيرت بلغاريا موقفها في الحرب في سبتمبر 1944 ، احتلت الحرب البلغارية الخامسة. تمركز الجيش في مقدونيا ، وعاد إلى الحدود القديمة لبلغاريا. في أوائل أكتوبر ، عاد الجيش الشعبي البلغاري المشكل حديثًا مع الجيش الأحمر إلى يوغوسلافيا المحتلة لمنع القوات الألمانية من الانسحاب من اليونان. تم تحرير مقدونيا اليوغوسلافية في نهاية نوفمبر عندما تأسست يوغوسلافيا الشيوعية. بعد الانسحاب الألماني الذي فرضه الهجوم البلغاري ، ازداد تجنيد المقدونيين في الجيش بشكل ملحوظ.

كانت العملية تسمى حرب التحرير الوطنية لمقدونيا (المقدونية: Народноослободителна борба на Македонија، Narodnoosloboditelna borba na Makedonija) من قبل التأريخ الماركسي اليوغوسلافي ، بما يتماشى مع حرب التحرير الشعبية اليوغوسلافية الكبرى. كما طور بعض المقاتلين تطلعاتهم لاستقلال منطقة مقدونيا ، لكن السلطات الشيوعية قمعتهم في نهاية الحرب. لقد شهد هزيمة القومية البلغارية وانتصار المقدونية الموالية ليوغوسلافيا في المنطقة. نتيجة لذلك ، اضطهدت السلطات الشيوعية الجديدة المتعاونين السابقين بتهمة "الشوفينية البلغارية الكبرى" وفضت جميع المنظمات التي عارضت الفكرة اليوغوسلافية وأصرت على استقلال مقدونيا.