كانت هندوراس مأهولة بالعديد من الشعوب الأصلية عندما وصل الإسبان في القرن السادس عشر. كان يسكن الجزء الغربي الأوسط من هندوراس من قبل Lencas ، والساحل الشمالي الأوسط من قبل Tol ، والمنطقة الواقعة شرق وغرب Trujillo من Pech (أو Paya) ، و Maya و Sumo. حافظت هذه المجموعات المستقلة على علاقات تجارية مع بعضها البعض ومع مجموعات سكانية أخرى بعيدة مثل بنما والمكسيك. يوجد في هندوراس أطلال العديد من المدن التي يعود تاريخها إلى فترة ما قبل أمريكا الوسطى الكلاسيكية والتي تظهر ما قبل العصر الكولومبي في البلاد.

من أجل وصول الأسبان ، تم إنشاء مدن جديدة مثل Trujillo و Comayagua و Gracias و Tegucigalpa. ابتداءً من الحقبة الاستعمارية ، كانت أراضي ما يعرف اليوم بهندوراس مخصصة للحصاد والتعدين وتربية المواشي. بعد استقلالها عن الإمبراطورية الإسبانية عام 1821 ، انضمت أمريكا الوسطى إلى أول إمبراطورية مكسيكية لفترة قصيرة جدًا ، والتي ستسقط في عام 1823 وسيتم إنشاء اتحاد أمريكا الوسطى ، الذي سيقع في عام 1839. بعد ذلك ، إقليم هندوراس أصبحت أمة مستقلة.