En la Guerra de los Trece Años, el Consejo Secreto de la Confederación Prusiana envía un acto formal de desobediencia al Gran Maestre.

La Confederación Prusiana (alemán: Preuischer Bund, polaco: Zwizek Pruski) fue una organización formada el 21 de febrero de 1440 en Kwidzyn (entonces oficialmente Marienwerder) por un grupo de 53 nobles y clérigos y 19 ciudades de Prusia, para oponerse a la arbitrariedad de los teutones. caballeros Se basó en una organización similar anterior, Lizard Union establecida en 1397 por los nobles de Chemno Land.

En 1454, el líder de la Confederación, Johannes von Baysen (Jan Bayski), solicitó formalmente al rey Casimiro IV Jagiellon que incorporara a Prusia al Reino de Polonia. Esto marcó el comienzo de la Guerra de los Trece Años entre el Estado de la Orden y Polonia, con las ciudades cofinanciando los costos militares de este último.

La Guerra de los Trece Años (en alemán: Dreizehnjähriger Krieg; en polaco: wojna trzynastoletnia), también llamada Guerra de las Ciudades, fue un conflicto librado entre 1454 y 1466 entre la Confederación Prusiana, aliada con la Corona del Reino de Polonia, y la Estado de la Orden Teutónica.

La guerra comenzó como un levantamiento de las ciudades prusianas y la nobleza local para independizarse de los Caballeros Teutónicos. En 1454, Casimiro IV se casó con Isabel de Habsburgo y la Confederación Prusiana pidió ayuda al rey Casimiro IV Jagiellon de Polonia y se ofreció a aceptar al rey como protector en lugar de la Orden Teutónica. Cuando el rey asintió, estalló la guerra entre los partidarios de la Confederación Prusiana, respaldada por Polonia, y los partidarios del gobierno de los Caballeros Teutónicos.

La Guerra de los Trece Años terminó con la victoria de la Confederación Prusiana y Polonia y con la Segunda Paz de Thorn (1466). Esto pronto fue seguido por la Guerra de los Sacerdotes (1467-1479), una prolongada disputa sobre la independencia del Príncipe-Obispado prusiano de Warmia (Ermland), en la que los Caballeros también buscaron la revisión de la Paz de Thorn.