Los comandos israelíes Shayetet 13 abordaron la Flotilla de la Libertad de Gaza mientras aún estaban en aguas internacionales tratando de romper el bloqueo en curso de la Franja de Gaza; nueve civiles turcos en la flotilla murieron en la refriega violenta que siguió.
La incursión de la flotilla de Gaza fue una operación militar de Israel contra seis barcos civiles de la "Flotilla de la Libertad de Gaza" el 31 de mayo de 2010 en aguas internacionales en el mar Mediterráneo. Nueve activistas murieron en un barco durante el ataque y diez soldados israelíes resultaron heridos, uno de gravedad. Otro activista turco murió más tarde a causa de sus heridas. Tres de los seis barcos de la flotilla, organizados por Free Gaza Movement y la Turkish Foundation for Human Rights and Freedoms and Humanitarian Relief (HH), transportaban ayuda humanitaria y materiales de construcción, con la intención de romper el bloqueo israelí de la Franja de Gaza. Israel había advertido a la flotilla que abortara su misión, describiéndola como una provocación. El 31 de mayo de 2010, los comandos navales israelíes Shayetet 13 abordaron los barcos desde lanchas rápidas y helicópteros para forzarlos al puerto israelí de Ashdod para su inspección. En el barco turco MV Mavi Marmara, según la propia Comisión Turkel de Israel, la Armada israelí enfrentó la resistencia de unos 40 de los 590 pasajeros, incluidos los activistas de IHH descritos en el informe de la comisión como un "grupo radical" separado que, según se decía, estaba armado. con barras de hierro y cuchillos. Según la organizadora de la flotilla, Greta Berlin, los soldados israelíes no comenzaron a disparar hasta que un activista le quitó un arma a uno de ellos. Durante la lucha, nueve activistas fueron asesinados, incluidos ocho ciudadanos turcos y un estadounidense de origen turco, y muchos resultaron heridos. El 23 de mayo de 2014, un décimo miembro de la flotilla murió en el hospital después de estar en coma durante cuatro años. Diez de los comandos también resultaron heridos, uno de ellos de gravedad. Según un informe de la ONU, todas las muertes de activistas fueron causadas por disparos y "las circunstancias de la muerte de al menos seis de los pasajeros fueron de una manera consistente con un extra- ejecución legal, arbitraria y sumaria”. Los otros cinco barcos de la flotilla emplearon resistencia pasiva, que fue suprimida sin mayores incidentes. Según el informe de la ONU, varios de los pasajeros resultaron heridos y uno de ellos se fracturó la pierna. Los barcos fueron remolcados a Israel. Algunos pasajeros fueron deportados de inmediato, mientras que unos 600 fueron detenidos por negarse a firmar órdenes de deportación; algunos de ellos estaban programados para ser procesados. Después de las críticas internacionales, todos los activistas detenidos también fueron deportados. La redada provocó una condena generalizada a nivel internacional y resultó en un deterioro de las relaciones entre Israel y Turquía. Posteriormente, Israel alivió su bloqueo en la Franja de Gaza. Todos los activistas sobrevivientes fueron liberados, aunque solo se devolvieron los barcos turcos y griegos. Israel confiscó y continuó reteniendo los otros barcos, así como la mayoría de las propiedades (incluidas todas las grabaciones de los medios) de más de 700 pasajeros, hasta junio de 2010. Hubo varias investigaciones sobre el incidente. Un informe de UNHRC en septiembre de 2010 sobre el incidente consideró ilegal el bloqueo y afirmó que las acciones de Israel fueron "desproporcionadas" y "traicionaron un nivel inaceptable de brutalidad", con evidencia de "homicidio deliberado". Posteriormente, el CDHNU también estableció un panel de cinco expertos en derechos humanos para examinar las conclusiones del informe Palmer. El panel declaró que el bloqueo de Gaza por parte de Israel equivalía a un castigo colectivo y era ilegal. El secretario general de las Naciones Unidas, Ban Ki-moon, anunció una investigación paralela en agosto de 2010 por un panel de cuatro miembros encabezado por Geoffrey Palmer. El informe Palmer se publicó el 2 de septiembre de 2011 después de haber sido retrasado, supuestamente para permitir que Israel y Turquía continuaran las conversaciones de reconciliación. El informe encontró que el bloqueo naval israelí de Gaza era legal y que había "serias dudas sobre la conducta, la verdadera naturaleza y los objetivos de los organizadores de la flotilla, particularmente IHH". El informe también encontró que el grado de fuerza utilizado contra el Mavi Marmara fue "excesivo e irrazonable", y que la forma en que Israel trató a los tripulantes detenidos violó el derecho internacional de los derechos humanos. Israel ha ofrecido a Turquía 20 millones de dólares en compensación por el ataque. El 22 de marzo de 2013, en una conversación telefónica de media hora entre el primer ministro de Israel, Benjamin Netanyahu, y el primer ministro de Turquía, Recep Tayyip Erdoan, el primero se disculpó en nombre de su nación; Erdoan aceptó la disculpa y ambos acordaron entablar más discusiones. El 29 de junio de 2016, el acuerdo fue finalizado y aprobado por el gobierno israelí.
Shayetet 13 (en hebreo: שייטת 13, lit. Flotilla 13) es una unidad de la Marina israelí y una de las principales unidades de sayeret (reconocimiento) de las Fuerzas de Defensa de Israel. Shayetet 13 se especializa en incursiones de mar a tierra, lucha contra el terrorismo, sabotaje, recopilación de inteligencia marítima, rescate de rehenes marítimos y abordaje. La unidad está entrenada para acciones marítimas, aéreas y terrestres. La unidad ha participado en casi todas las principales guerras de Israel, así como en otras acciones.
La unidad es una de las más secretas del ejército israelí. Los detalles de muchas misiones e identidades de operativos activos se mantienen altamente clasificados. La unidad es respetada como una de las mejores de las fuerzas especiales del mundo y se la compara con los SEAL de la Marina de los EE. UU. y el Servicio de Embarcaciones Especiales de Gran Bretaña. A diferencia de muchas otras Unidades de las Fuerzas Especiales israelíes que aceptan hombres solo para su servicio obligatorio de 36 meses, los voluntarios de Shayetet 13 deben aceptar servir al menos cuatro años y medio (18 meses por encima del compromiso normal). Lema de la unidad: "Como el murciélago emerge de la oscuridad, Como la hoja corta con silencio, Como la granada se rompe con rabia". Además, la unidad también se conoce como "gente del silencio".