La Guerra Civil de Sudán del Sur fue una guerra civil de múltiples lados en Sudán del Sur entre las fuerzas del gobierno y las fuerzas de la oposición. En diciembre de 2013, el presidente Kiir acusó a su exdiputado Riek Machar ya otras diez personas de intentar un golpe de Estado. Machar negó haber intentado dar un golpe de Estado y huyó para liderar el SPLM – en la oposición (SPLM-IO). Estalló la lucha entre el Movimiento de Liberación del Pueblo de Sudán (SPLM) y el SPLM-IO, lo que provocó la guerra civil. Se desplegaron tropas ugandesas para luchar junto al gobierno de Sudán del Sur. Naciones Unidas tiene fuerzas de paz en el país como parte de la Misión de las Naciones Unidas en Sudán del Sur (UNMISS). En enero de 2014 se alcanzó el primer acuerdo de alto el fuego. La lucha continuó y sería seguida por varios acuerdos de alto el fuego más. Las negociaciones fueron mediadas por "IGAD +" (que incluye las ocho naciones regionales denominadas Autoridad Intergubernamental para el Desarrollo, así como la Unión Africana, las Naciones Unidas, China, la UE, EE. UU., Reino Unido y Noruega). En agosto de 2015 se firmó un acuerdo de paz conocido como "Acuerdo de paz de compromiso". Machar regresó a Juba en 2016 y fue nombrado vicepresidente. Luego de un segundo estallido de combates dentro de Juba, el SPLM-IO huyó a la región circundante de Equatoria, que antes era pacífica. Kiir reemplazó a Machar como primer vicepresidente con Taban Deng Gai, lo que dividió a la oposición y las luchas internas rebeldes se convirtieron en una parte importante del conflicto. La rivalidad entre las facciones dinka encabezadas por el presidente y Paul Malong Awan también provocó enfrentamientos. En agosto de 2018, entró en vigor otro acuerdo de reparto de energía. El 22 de febrero de 2020, los rivales Kiir y Machar llegaron a un acuerdo de unidad y formaron un gobierno de coalición. Se estimó que alrededor de 400.000 personas habían muerto en la guerra en abril de 2018, incluidas atrocidades notables como la masacre de Bentiu de 2014. Aunque ambos hombres tenían simpatizantes de todas las divisiones étnicas de Sudán del Sur, los combates posteriores tuvieron trasfondos étnicos. El grupo étnico Dinka de Kiir ha sido acusado de atacar a otros grupos étnicos y el grupo étnico Nuer de Machar ha sido acusado de atacar a los Dinka. Más de 4 millones de personas han sido desplazadas, con alrededor de 1,8 millones de desplazados internos y alrededor de 2,5 millones han huido a países vecinos, especialmente Uganda y Sudán. Los combates en el corazón agrícola del sur del país provocaron que el número de personas que se enfrentan al hambre se disparara a 6 millones, provocando hambrunas en 2017 en algunas áreas. La economía del país también ha sido devastada. Según el FMI en octubre de 2017, el ingreso real se había reducido a la mitad desde 2013 y la inflación superaba el 300 % anual.