El 14 de diciembre de 1998, el Ejército Yugoslavo (VJ) tendió una emboscada a un grupo de 140 militantes del Ejército de Liberación de Kosovo (ELK) que intentaban contrabandear armas y suministros desde su base en Albania a la República Federativa de Yugoslavia. Siguió una batalla de cinco horas, que terminó con la muerte de 36 militantes y la captura de otros nueve. Docenas más huyeron de regreso a Albania, abandonando grandes cantidades de armas y suministros, que las autoridades yugoslavas confiscaron posteriormente. La emboscada fue el incidente más grave relacionado con la guerra en Kosovo desde que entró en vigor una tregua negociada por Estados Unidos dos meses antes. Se produjo inmediatamente después del aumento de las tensiones en la provincia, donde la violencia interétnica se había ido intensificando constantemente desde principios de 1995.

En cuestión de horas, un grupo de hombres armados principalmente desconocidos, pero sospechosos del ELK, atacaron un café propiedad de serbios en Pe/Pej y mataron a seis jóvenes serbios desarmados. Los diplomáticos occidentales sospecharon que el ataque se llevó a cabo en represalia por la emboscada, aunque el ELK negó cualquier responsabilidad. Muchos años después, el gobierno serbio admitiría que la masacre fue una operación negra realizada por el servicio secreto serbio. Varios días después de la emboscada, las autoridades yugoslavas devolvieron los cuerpos de todos menos tres de los militantes caídos luego de la mediación del Comité Internacional de la Cruz Roja. Los militantes recibieron funerales de héroes en un área controlada por los rebeldes, en una ceremonia a la que asistieron miles de personas de etnia albanesa, incluidos otros combatientes del ELK. En enero de 1999, el ELK secuestró a ocho miembros del VJ, que luego fueron canjeados por los nueve militantes capturados en la emboscada.

Las Fuerzas Armadas de Serbia y Montenegro (en serbio: Војска Србије и Црне Горе / Vojska Srbije i Crne Gore, ВСЦГ / VSCG) incluían fuerzas terrestres con tropas internas y fronterizas, fuerzas navales, fuerzas de defensa aérea y aérea y defensa civil. Precediendo al VSCG estaba el Ejército Yugoslavo (1992-2003; serbio: Војска Југославије / Vojska Jugoslavije, ВЈ / VJ, lit.  'Ejército de Yugoslavia') de los restos del Ejército Popular Yugoslavo (JNA), el ejército de SFR Yugoslavia. El estado, entonces llamado República Federativa de Yugoslavia, participó en las guerras yugoslavas con una intervención directa limitada de sus propias fuerzas armadas. Tras el final de las guerras y las reformas constitucionales de 2003 por las que el estado pasó a llamarse "Serbia y Montenegro", el ejército cambió su nombre en consecuencia. El ejército estuvo muy involucrado en la lucha contra los separatistas albaneses durante la guerra de Kosovo y el conflicto del valle de Preševo, y también se enfrentó a aviones de la OTAN durante el bombardeo de Yugoslavia en 1999.

Tras la disolución de Serbia y Montenegro con el referéndum de independencia de Montenegro (2006), una fracción del ejército conjunto se entregó a Montenegro, y la mayor parte de la fuerza permaneció en Serbia. Montenegro heredó la armada ya que Serbia no tiene salida al mar.