La Guerra de Colonia (en alemán: Kölner Krieg, Kölnischer Krieg; también "Truchsessischer Krieg"; 1583-1588) fue un conflicto entre facciones protestantes y católicas que devastó el Electorado de Colonia, un principado eclesiástico histórico del Sacro Imperio Romano Germánico, en el presente. día Renania del Norte-Westfalia, en Alemania. La guerra se produjo en el contexto de la Reforma protestante en Alemania y la posterior Contrarreforma, y simultáneamente con la revuelta holandesa y las guerras de religión francesas.
También llamada Guerra del Senescal (Truchsessischer Krieg) o Agitación del Senescal (Truchsessischer Wirren) y ocasionalmente Guerra de las Cloacas, el conflicto puso a prueba el principio de reserva eclesiástica, que había sido incluido en la Paz religiosa de Augsburgo (1555). Este principio excluyó, o "reservó", los territorios eclesiásticos del Sacro Imperio Romano Germánico de la aplicación de cuius regio, eius religio, o "cuya regla, su religión", como medio principal para determinar la religión de un territorio. En cambio, estipuló que si un príncipe eclesiástico se convertía al protestantismo, renunciaría a su cargo en lugar de forzar la conversión de sus súbditos.
En diciembre de 1582, Gebhard Truchsess von Waldburg, príncipe elector de Colonia, se convirtió al protestantismo. El principio de reserva eclesiástica exigía su dimisión. En cambio, declaró la paridad religiosa para sus súbditos y, en 1583, se casó con Agnes von Mansfeld-Eisleben, con la intención de convertir el principado eclesiástico en un ducado dinástico secular. Una facción del Cabildo de la Catedral eligió a otro arzobispo, Ernesto de Baviera.
Inicialmente, las tropas de los arzobispos de Colonia en competencia lucharon por el control de secciones del territorio. Varios de los barones y condes que tenían territorio con obligaciones feudales con el Elector también tenían territorio en las provincias holandesas cercanas; Westfalia, Lieja y los Países Bajos del Sur o españoles. Las complejidades de la enfeudación y el apacentamiento dinástico magnificaron una disputa localizada en una que incluía partidarios del Electorado del Palatinado y mercenarios holandeses, escoceses e ingleses del lado protestante, y mercenarios bávaros y papales del lado católico. El conflicto coincidió con la Revuelta holandesa, 1568-1648, alentando la participación de las provincias rebeldes holandesas y españolas. En 1586, el conflicto se amplió aún más, con la participación directa de tropas españolas y mercenarios italianos del lado católico, y el apoyo financiero y diplomático de Enrique III de Francia e Isabel I de Inglaterra del lado protestante.
La guerra concluyó con la victoria del arzobispo católico Ernst, que expulsó del electorado al arzobispo protestante Gebhard. Este resultado consolidó la autoridad de Wittelsbach en el noroeste de Alemania y alentó un renacimiento católico en los estados a lo largo del bajo Rin. En términos más generales, el conflicto sentó un precedente para la intervención extranjera en asuntos religiosos y dinásticos alemanes, que sería seguido ampliamente durante la Guerra de los Treinta Años (1618-1648).