Isahaya (諫早市, Isahaya-shi) es una ciudad ubicada en la prefectura de Nagasaki, Japón. La ciudad fue fundada el 1 de septiembre de 1940. Al 1 de septiembre de 2021, la ciudad tiene una población estimada de 133.115 y una densidad de población de 389 habitantes por km². El área total es de 341,79 km2 (131,97 millas cuadradas).

El 1 de marzo de 2005, las ciudades de Tarami, Moriyama, Iimori, Takaki y Konagai (todas del distrito de Kitatakaki) se fusionaron para crear la ciudad nueva y ampliada de Isahaya. La ciudad fue una vez parte del distrito de Kitatakaki, pero debido a esta fusión, al distrito no le quedan más municipios y el distrito se disolvió oficialmente.