Las elecciones presidenciales se celebraron en Indonesia el 5 de julio de 2004, con una segunda vuelta el 20 de septiembre. Fueron las primeras elecciones presidenciales directas en el país; antes de una enmienda de 2002 a la Constitución de Indonesia, el Presidente y el Vicepresidente habían sido elegidos por la Asamblea Consultiva Popular (MPR).

Según la nueva enmienda, una pareja de candidatos es elegida para el cargo después de recibir más del 50 % de los votos a nivel nacional con al menos el 2 % de los votos en más de la mitad de las provincias de Indonesia. Si ningún par recibe el número de votos requerido, la elección continuará en la segunda ronda y los pares recibirán el mayor y el segundo mayor número de votos. Otras regulaciones establecidas por la Comisión Electoral General (KPU) establecen que cada pareja debe ser nominada por un partido político o coalición de partidos que recibió al menos el 5% del voto popular o el 3% de los escaños para el Consejo Representativo del Pueblo (DPR) en las elecciones legislativas de abril.

La presidenta actual, Megawati Sukarnoputri, asumió el cargo en 2001 después de que la legislatura acusara y destituyera a su predecesor, el presidente Abdurrahman Wahid (a menudo conocido como "Gus Dur"). La oferta de reelección de Megawati fue desafiada por cuatro candidatos, incluido el vicepresidente titular Hamzah Haz. En la primera vuelta, el exmiembro del gabinete y general retirado Susilo Bambang Yudhoyono recibió la mayoría de las papeletas válidas presentadas, seguido por Megawati. Yudhoyono finalmente derrotó a Megawati con el 60,62% de los votos válidos en la segunda ronda. Fue investido como el sexto presidente de Indonesia el 20 de octubre de 2004.