En un conflicto prolongado durante la colonización española de las Américas, los colonizadores españoles incorporaron gradualmente el territorio que se convirtió en el actual país de Guatemala en el Virreinato colonial de Nueva España. Antes de la conquista, este territorio contenía varios reinos mesoamericanos en competencia, la mayoría de los cuales eran mayas. Muchos conquistadores vieron a los mayas como "infieles" que necesitaban ser convertidos y pacificados por la fuerza, sin tener en cuenta los logros de su civilización. El primer contacto entre los mayas y los exploradores europeos se produjo a principios del siglo XVI cuando un barco español que navegaba de Panamá a Santo Domingo naufragó en la costa este de la península de Yucatán en 1511. Varias expediciones españolas siguieron en 1517 y 1519, llegando a tierra en varias partes de la costa de Yucatán. La conquista española de los mayas fue un asunto prolongado; los reinos mayas resistieron la integración en el Imperio español con tal tenacidad que su derrota tomó casi dos siglos. Pedro de Alvarado llegó a Guatemala desde el recién conquistado México a principios de 1524, al mando de una fuerza mixta de conquistadores españoles y aliados nativos, en su mayoría de Tlaxcala y Cholula. Las características geográficas de Guatemala ahora llevan nombres de lugares en náhuatl debido a la influencia de estos aliados mexicanos, quienes tradujeron al español. Los mayas kaqchikeles inicialmente se aliaron con los españoles, pero pronto se rebelaron contra las demandas excesivas de tributos y finalmente no se rindieron hasta 1530. Mientras tanto, los otros reinos mayas importantes de las tierras altas habían sido derrotados por turnos por los guerreros españoles y aliados de México y México. reinos mayas ya subyugados en Guatemala. Hernán Cortés se puso en contacto por primera vez con los mayas itzaes y otros grupos de las tierras bajas en la cuenca del Petn en 1525, pero permanecieron independientes y hostiles a los invasores españoles hasta 1697, cuando un asalto español concertado dirigido por Martín de Ursa y Arizmendi finalmente derrotó a los últimos mayas independientes. Reino.

Las tácticas y la tecnología españolas y nativas diferían mucho. Los españoles vieron la toma de prisioneros como un obstáculo para la victoria absoluta, mientras que los mayas priorizaron la captura de prisioneros vivos y del botín. Los pueblos indígenas de Guatemala carecían de elementos clave de la tecnología del Viejo Mundo, como una rueda funcional, caballos, hierro, acero y pólvora; también eran extremadamente susceptibles a las enfermedades del Viejo Mundo, contra las cuales no tenían resistencia. Los mayas preferían las incursiones y las emboscadas a la guerra a gran escala, usando lanzas, flechas y espadas de madera con hojas de obsidiana incrustadas; los xincas de la llanura costera sur usaban veneno en sus flechas. En respuesta al uso de la caballería española, los mayas de las tierras altas comenzaron a cavar pozos y revestirlos con estacas de madera.

Nojpetén (también deletreado Noh Petén, y también conocido como Tayasal) fue la ciudad capital del reino Itza Maya de Petén Itzá. Está ubicado en una isla en el lago Petén Itzá en el moderno departamento de Petén en el norte de Guatemala. La isla ahora está ocupada por el moderno pueblo de Flores, la capital del departamento de Petén, y ha tenido una ocupación ininterrumpida desde la época precolombina. Nojpetén tenía muros defensivos construidos en el terreno bajo de la isla, que pueden haber sido construidos apresuradamente por los itzáes en un momento en que se sentían amenazados por la invasión española o por otros grupos mayas.