El 27 de marzo de 1999, durante el bombardeo de Yugoslavia por la OTAN, una unidad del ejército yugoslavo (el 3.er Batallón de la 250.a Brigada de Misiles de Defensa Aérea, que estaba bajo el mando del Coronel Zoltn Dani) derribó un avión furtivo F-117 Nighthawk de los Estados Unidos. Fuerza Aérea de los Estados Unidos disparando un misil tierra-aire S-125 Neva/Pechora. El piloto se expulsó de manera segura y fue rescatado por los PJ de la Fuerza Aérea de los EE. UU. que realizaban búsquedas y rescates. ; en comparación, las defensas aéreas yugoslavas se consideraban relativamente obsoletas. En 2020, un piloto de F-117A, durante una entrevista en la que también recordó a todos que el F-117A era "poco observable, no invisible", declaró que el F- 117A había sido dañado por un misil tierra-aire yugoslavo algún tiempo después del incidente del 27 de marzo, pero logró regresar a la base. Algunos informes sugieren que este segundo incidente también fue cometido por la 3.ª batería de la 250.ª Brigada de Misiles de Defensa Aérea, la misma batería SAM que derribó el primer F-117.

La Guerra de Kosovo fue un conflicto armado en Kosovo que comenzó el 28 de febrero de 1998 y duró hasta el 11 de junio de 1999. Fue combatida por las fuerzas de la República Federativa de Yugoslavia (es decir, Serbia y Montenegro), que controlaba Kosovo antes de la guerra, y Kosovo Grupo rebelde albanés conocido como Ejército de Liberación de Kosovo (ELK). El conflicto terminó cuando la Organización del Tratado del Atlántico Norte (OTAN) intervino iniciando ataques aéreos en marzo de 1999 que resultaron en la retirada de las fuerzas yugoslavas de Kosovo.

El ELK se formó a principios de la década de 1990 para luchar contra la persecución serbia de los albanokosovares. El ELK inició su primera campaña en 1995 cuando lanzó ataques contra las fuerzas del orden serbias en Kosovo. En junio de 1996, el grupo se atribuyó la responsabilidad de los actos de sabotaje contra las comisarías de policía de Kosovo durante la Insurgencia de Kosovo. En 1997, la organización adquirió una gran cantidad de armas a través del contrabando de armas desde Albania, tras una rebelión en la que se saquearon armas de los puestos policiales y militares del país. A principios de 1998, los ataques del ELK contra las autoridades yugoslavas en Kosovo dieron como resultado una mayor presencia de paramilitares serbios y fuerzas regulares que posteriormente comenzaron una campaña de represalia contra los simpatizantes del ELK y los opositores políticos; esta campaña mató de 1.500 a 2.000 civiles y combatientes del ELK. Después de que fracasaran los intentos de una solución diplomática, la OTAN intervino, justificando la campaña como una "guerra humanitaria". Esto precipitó una expulsión masiva de albanokosovares mientras las fuerzas yugoslavas continuaban luchando durante el bombardeo aéreo de Yugoslavia (marzo-junio de 1999). Para el año 2000, las investigaciones habían recuperado los restos de casi tres mil víctimas de todas las etnias, y en 2001 un Tribunal Supremo administrado por las Naciones Unidas, con sede en Kosovo, concluyó que había habido "una campaña sistemática de terror, incluidos asesinatos, violaciones, incendios provocados y severos malos tratos", pero que las tropas yugoslavas habían tratado de expulsar en lugar de erradicar a la población albanesa. La guerra terminó con el Tratado de Kumanovo, con las fuerzas yugoslavas y serbias acordando retirarse de Kosovo para dar paso a una presencia internacional. El Ejército de Liberación de Kosovo se disolvió poco después de esto, y algunos de sus miembros lucharon para la UÇPMB en el valle de Preševo ​​y otros se unieron al Ejército de Liberación Nacional (NLA) y al Ejército Nacional de Albania (ANA) durante el conflicto étnico armado en Macedonia. mientras que otros pasaron a formar la Policía de Kosovo. Después de la guerra, se compiló una lista que documentaba que más de 13.500 personas murieron o desaparecieron durante los dos años de conflicto. Las fuerzas yugoslavas y serbias provocaron el desplazamiento de entre 1,2 millones y 1,45 millones de albanokosovares. Después de la guerra, alrededor de 200.000 serbios, romaníes y otros no albaneses huyeron de Kosovo y muchos de los civiles restantes fueron víctimas de abusos. La campaña de bombardeos de la OTAN sigue siendo controvertida. No obtuvo la aprobación del Consejo de Seguridad de la ONU y causó al menos 488 muertes de civiles yugoslavos, incluido un número considerable de refugiados kosovares.