Una nueva cepa de la bacteria Escherichia coli O104:H4 provocó un brote grave de enfermedad transmitida por los alimentos que se concentró en el norte de Alemania entre mayo y junio de 2011. La enfermedad se caracterizó por diarrea sanguinolenta, con una alta frecuencia de complicaciones graves, incluido el síndrome urémico hemolítico (SUH). ), condición que requiere tratamiento urgente. Originalmente se pensó que el brote había sido causado por una cepa enterohemorrágica (EHEC) de E. coli, pero luego se demostró que había sido causado por una cepa enteroagregativa de E. coli (EAEC) que había adquirido los genes para producir toxinas Shiga, presente en los brotes de fenogreco orgánico.

El trabajo de campo epidemiológico sugirió que las verduras frescas eran la fuente de infección. El ministro de agricultura de Baja Sajonia identificó una granja orgánica en Bienenbüttel, Baja Sajonia, Alemania, que produce una variedad de alimentos germinados, como la fuente probable del brote de E. coli. La granja fue cerrada. Aunque los laboratorios de Baja Sajonia no detectaron la bacteria en los productos agrícolas, un laboratorio de Renania del Norte-Westfalia encontró más tarde la cepa del brote en un paquete de brotes descartados de la granja sospechosa. Una investigación de control confirmó que la granja era la fuente del brote. El 30 de junio de 2011, el Bundesinstitut für Risikobewertung (BfR) (Instituto Federal para la Evaluación de Riesgos) de Alemania, un instituto del Ministerio Federal de Alimentación, Agricultura y Protección del Consumidor de Alemania, anunció que las semillas de fenogreco orgánico importadas de Egipto eran probablemente la fuente de el brote. En total, 3.950 personas se vieron afectadas y 53 murieron, 51 de las cuales estaban en Alemania. 800 personas sufrieron síndrome urémico hemolítico (SUH), que puede provocar insuficiencia renal. Se informaron algunos casos en varios otros países, incluidos Suiza, Polonia, los Países Bajos, Suecia, Dinamarca, el Reino Unido, Canadá y los EE. UU. Esencialmente, todas las personas afectadas habían estado en Alemania o Francia poco antes de enfermarse.

Inicialmente, los funcionarios alemanes hicieron declaraciones incorrectas sobre el posible origen y la cepa de Escherichia coli. Las autoridades sanitarias alemanas, sin resultados de las pruebas en curso, vincularon incorrectamente el serotipo O104 con los pepinos importados de España. Más tarde, reconocieron que los invernaderos españoles no eran la fuente de E. coli y que las muestras de pepino no contenían la variante específica de E. coli que causaba el brote. En consecuencia, España expresó su enojo por la vinculación de sus productos con el brote mortal de E. coli, que costó a los exportadores españoles 200 millones de dólares por semana. Rusia prohibió la importación de todas las verduras frescas de la Unión Europea desde principios de junio hasta el 22 de junio de 2011.