La batalla naval de Hakodate (函館湾海戦, Hakodatewan Kaisen) se libró del 4 al 10 de mayo de 1869, entre los restos de la armada del shogunato Tokugawa, consolidada en las fuerzas armadas de la República rebelde Ezo, y la recién formada Armada Imperial Japonesa. Fue una de las últimas etapas de la Batalla de Hakodate durante la Guerra de Boshin, y ocurrió cerca de Hakodate en la isla de Hokkaidō, en el norte de Japón.