João Álvares Fagundes (nacido c. 1460, Reino de Portugal - fallecido en 1522, Reino de Portugal), fue un explorador y armador de Viana do Castelo en el norte de Portugal. Organizó varias expediciones a Terranova y Nueva Escocia alrededor de 1520-1521.

Fagundes, junto con su segundo capitán Pêro de Barcelos, y acompañado de colonos (en su mayoría de las Azores y algunos de Portugal continental), exploró las islas de St Paul cerca de Cape Breton, Sable Island, Penguin Island (ahora conocida como Funk Island), Burgeo y San Pedro y Miquelón. Llamó a estas últimas islas como las Once Mil Vírgenes, en honor a Santa Úrsula. El rey Manuel I de Portugal otorgó a Fagundes los derechos exclusivos y la propiedad de sus descubrimientos el 13 de marzo de 1521.

En 1607, Samuel de Champlain identificó los restos de una gran cruz ("una cruz vieja, toda cubierta de musgo y casi completamente podrida") en lo que ahora es Advocate Harbour, Nueva Escocia en la cuenca de Minas. Algunos historiadores han atribuido la cruz a Fagundes, quien se presume visitó el lugar unas ocho décadas antes.