El Papa Inocencio IX (latín: Innocencio IX; italiano: Innocenzo IX; 20 de julio de 1519 - 30 de diciembre de 1591), nacido Giovanni Antonio Facchinetti, fue jefe de la Iglesia Católica y gobernante de los Estados Pontificios del 29 de octubre al 30 de diciembre de 1591.

Antes de su breve papado, había sido canonista, diplomático y administrador jefe durante el reinado del Papa Gregorio XIV (r. 1590-1591).