El Holocausto en Lituania resultó en la destrucción casi total de los judíos lituanos (Litvaks) y polacos que vivían en Generalbezirk Litauen del Reichskommissariat Ostland dentro de la RSS de Lituania controlada por los nazis. De aproximadamente 208 000 a 210 000 judíos, se estima que entre 190 000 y 195 000 fueron asesinados antes del final de la Segunda Guerra Mundial, la mayoría entre junio y diciembre de 1941. Más del 95 % de la población judía de Lituania fue masacrada durante los tres años de ocupación alemana, un porcentaje más destrucción total que la que sufrió cualquier otro país afectado por el Holocausto. Los historiadores atribuyen esto a la colaboración masiva en el genocidio por parte de los paramilitares locales no judíos, aunque las razones de esta colaboración aún se debaten. El Holocausto resultó en la mayor pérdida de vidas en tan poco tiempo en la historia de Lituania. Los eventos que tuvieron lugar en las regiones occidentales de la URSS ocupadas por la Alemania nazi en las primeras semanas después de la invasión alemana, incluyendo Lituania, marcó la fuerte intensificación del Holocausto. Un componente importante del Holocausto en Lituania fue que la administración alemana nazi ocupante avivó el antisemitismo al culpar a la comunidad judía por la reciente anexión de Lituania por parte del régimen soviético, un año antes. Otro factor importante fue la gran medida en que el diseño de los nazis se basó en la organización física, la preparación y la ejecución de sus órdenes por parte de los colaboradores lituanos locales del régimen de ocupación nazi. A partir de 2020, el tema del Holocausto en Lituania y el papel que jugó por los lituanos en el genocidio, incluidos varios nacionalistas lituanos notables, sigue siendo controvertido.