Le naufrage de l'USS Housatonic le 17 février 1864 pendant la guerre civile américaine a été un tournant important dans la guerre navale. Le sous-marin de la marine des États confédérés, HL Hunley, a effectué sa première et unique attaque contre un navire de guerre de la marine de l'Union lorsqu'elle a organisé une attaque nocturne clandestine contre l'USS Housatonic dans le port de Charleston. HL Hunley s'est approché juste sous la surface, évitant d'être détecté jusqu'aux derniers instants, puis a intégré et fait exploser à distance une torpille à espar qui a rapidement coulé le sloop de guerre de 1 240 tonnes longues (1 260 t) avec la perte de cinq marins de l'Union. H.L. Hunley est devenu célèbre comme le premier sous-marin à couler avec succès un navire ennemi au combat, et a été l'ancêtre direct de ce qui allait devenir la guerre sous-marine internationale, bien que la victoire ait été à la Pyrrhus et de courte durée, puisque le sous-marin n'a pas survécu à l'attaque et a été perdu avec les huit membres d'équipage confédérés.

La guerre civile américaine (12 avril 1861 - 9 mai 1865 ; également connue sous d'autres noms) était une guerre civile aux États-Unis entre l'Union (les États qui sont restés fidèles à l'union fédérale, ou « le Nord ») et le Confédération (États qui ont voté pour faire sécession, ou "le Sud"). La cause centrale de la guerre était le statut de l'esclavage, en particulier l'expansion de l'esclavage dans les territoires acquis à la suite de l'achat de la Louisiane et de la guerre américano-mexicaine. A la veille de la guerre civile en 1860, quatre millions des 32 millions d'Américains (~13%) étaient des Noirs réduits en esclavage, presque tous dans le Sud. La pratique de l'esclavage aux États-Unis était l'un des principaux problèmes politiques du 19ème siècle. Des décennies de troubles politiques liés à l'esclavage ont conduit à la guerre civile. La désunion est survenue après qu'Abraham Lincoln a remporté l'élection présidentielle américaine de 1860 sur une plate-forme d'expansion anti-esclavagiste. Sept premiers États esclavagistes du sud ont déclaré leur sécession du pays pour former la Confédération. Les forces confédérées ont saisi les forts fédéraux sur le territoire qu'elles revendiquaient. Le compromis Crittenden de dernière minute a tenté d'éviter le conflit mais a échoué; les deux camps se préparent à la guerre. Les combats éclatent en avril 1861 lorsque l'armée confédérée entame la bataille de Fort Sumter en Caroline du Sud, un peu plus d'un mois après la première investiture d'Abraham Lincoln. La Confédération a grandi pour contrôler au moins la majorité du territoire dans onze États (sur les 34 États américains en février 1861) et a revendiqué deux autres. Les deux camps ont levé de grandes armées de volontaires et de conscription. Quatre années de combats intenses, principalement dans le Sud, s'ensuivirent.

De 1861 à 1862, dans le théâtre occidental de la guerre, l'Union a réalisé des gains permanents importants, bien que dans le théâtre oriental de la guerre, le conflit n'ait pas été concluant. Le 1er janvier 1863, Lincoln publia la Proclamation d'émancipation, qui faisait de la fin de l'esclavage un objectif de guerre, déclarant toutes les personnes détenues comme esclaves dans les États en rébellion «pour toujours libres». À l'ouest, l'Union détruit la marine fluviale confédérée à l'été 1862, puis une grande partie de ses armées occidentales, et s'empare de la Nouvelle-Orléans. Le siège réussi de l'Union de 1863 à Vicksburg a divisé la Confédération en deux sur le fleuve Mississippi. En 1863, l'incursion du général confédéré Robert E. Lee vers le nord s'est terminée à la bataille de Gettysburg. Les succès occidentaux ont conduit le général Ulysses S. Grant à commander toutes les armées de l'Union en 1864. Infligeant un blocus naval de plus en plus strict des ports confédérés, l'Union a rassemblé des ressources et des effectifs pour attaquer la Confédération de toutes les directions. Cela a conduit à la chute d'Atlanta en 1864 face au général de l'Union William Tecumseh Sherman et à sa marche vers la mer. Les dernières batailles importantes ont fait rage autour du siège de dix mois de Petersburg, porte d'entrée de la capitale confédérée de Richmond.

La guerre civile a effectivement pris fin le 9 avril 1865, lorsque le général confédéré Lee s'est rendu au général de l'Union Grant à la bataille d'Appomattox Court House, après que Lee eut abandonné Petersburg et Richmond. Les généraux confédérés de toute l'armée confédérée ont emboîté le pas. La conclusion de la guerre de Sécession n'a pas de date de fin nette : les forces terrestres ont continué à se rendre jusqu'au 23 juin. À la fin de la guerre, une grande partie de l'infrastructure du Sud a été détruite, en particulier ses chemins de fer. La Confédération s'est effondrée, l'esclavage a été aboli et quatre millions de Noirs réduits en esclavage ont été libérés. La nation déchirée par la guerre est alors entrée dans l'ère de la reconstruction dans une tentative partiellement réussie de reconstruire le pays et d'accorder des droits civils aux esclaves libérés.

La guerre civile est l'un des épisodes les plus étudiés et les plus écrits de l'histoire des États-Unis. Il reste l'objet de débats culturels et historiographiques. Le mythe persistant de la cause perdue de la Confédération est particulièrement intéressant. La guerre civile américaine a été parmi les premières à utiliser la guerre industrielle. Les chemins de fer, le télégraphe, les bateaux à vapeur, le navire de guerre à toute épreuve et les armes produites en série ont été largement utilisés. Au total, la guerre a fait entre 620 000 et 750 000 soldats morts, ainsi qu'un nombre indéterminé de victimes civiles. Le président Lincoln a été assassiné cinq jours seulement après la reddition de Lee. La guerre civile reste le conflit militaire le plus meurtrier de l'histoire américaine. La technologie et la brutalité de la guerre civile ont préfiguré les prochaines guerres mondiales.