Le complot de Babington était un plan en 1586 pour assassiner la reine Elizabeth I, une protestante, et mettre Marie, reine d'Écosse, sa cousine catholique romaine, sur le trône anglais. Cela a conduit à l'exécution de Mary, à la suite d'une lettre envoyée par Mary (qui avait été emprisonnée pendant 19 ans depuis 1568 en Angleterre à la demande d'Elizabeth) dans laquelle elle a consenti à l'assassinat d'Elizabeth. L'objectif à long terme du complot fut l'invasion de l'Angleterre par les forces espagnoles du roi Philippe II et de la Ligue catholique en France, conduisant à la restauration de l'ancienne religion. Le complot a été découvert par le maître-espion d'Elizabeth, Sir Francis Walsingham, et utilisé pour piéger Mary dans le but de la retirer en tant que prétendante au trône d'Angleterre.

Les principaux conspirateurs étaient Anthony Babington et John Ballard. Babington, un jeune récusant, a été recruté par Ballard, un prêtre jésuite qui espérait sauver la reine écossaise. Les agents doubles Robert Poley et Gilbert Gifford travaillaient pour Walsingham, ainsi que Thomas Phelippes, un agent espion et cryptanalyste, et l'espion puritain Maliverey Catilyn. Le diacre catholique turbulent Gifford était au service de Walsingham depuis la fin de 1585 ou le début de 1586. Gifford obtint une lettre d'introduction à la reine Mary d'un confident et espion pour elle, Thomas Morgan. Walsingham a ensuite placé l'agent double Gifford et le déchiffreur espion Phelippes à l'intérieur du château de Chartley, où la reine Mary a été emprisonnée. Gifford a organisé le plan de Walsingham pour placer les communications cryptées de Babington et de Queen Mary dans un bouchon de baril de bière qui ont ensuite été interceptées par Phelippes, décodées et envoyées à Walsingham. Le 7 juillet 1586, la seule lettre de Babington qui a été envoyée à Mary a été décodée par Phelippes. Mary a répondu en code le 17 juillet 1586 en ordonnant aux sauveteurs potentiels d'assassiner la reine Elizabeth. La lettre de réponse comportait également des phrases déchiffrées indiquant son désir d'être secourue : « Les affaires étant ainsi préparées » et « Il se peut que je sois soudainement transportée hors de cet endroit ». Lors du procès de Fotheringay en octobre 1586, le Lord High Treasurer d'Elizabeth, Lord Burghley et Walsingham, utilisa la lettre contre Mary qui refusa d'admettre qu'elle était coupable. Mais elle a été trahie par ses secrétaires Nau et Curle qui ont avoué sous la pression que la lettre était principalement véridique.

Mary, Queen of Scots (8 décembre 1542 - 8 février 1587), également connue sous le nom de Mary Stuart ou Mary I of Scotland, fut reine d'Écosse du 14 décembre 1542 jusqu'à son abdication forcée en 1567.

Seule enfant légitime survivante de Jacques V d'Écosse, Mary avait six jours lorsque son père mourut et qu'elle accéda au trône. Pendant son enfance, l'Écosse était gouvernée par des régents, d'abord par l'héritier du trône, James Hamilton, comte d'Arran, puis par sa mère, Mary of Guise. En 1548, elle était fiancée à François, le Dauphin de France, et fut envoyée pour être élevée en France, où elle serait à l'abri des forces anglaises envahissantes pendant le Rough Wooing. Marie épousa François en 1558, devenant reine consort de France de son avènement en 1559 jusqu'à sa mort en décembre 1560. Veuve, Marie retourna en Ecosse en août 1561. Suite à la Réforme écossaise, le climat religieux et politique tendu que Marie rencontra à son retour en Écosse a été encore plus agitée par d'éminents Écossais tels que John Knox, qui se sont ouvertement demandé si ses sujets avaient le devoir de lui obéir. Les premières années de son règne personnel ont été marquées par le pragmatisme, la tolérance et la modération. Elle a publié une proclamation acceptant la colonie religieuse en Écosse telle qu'elle l'avait trouvée à son retour, a retenu des conseillers tels que James Stewart, comte de Moray et William Maitland de Lethington, et a gouverné en tant que monarque catholique d'un royaume protestant.

Mary épousa son demi-cousin, Henry Stuart, Lord Darnley, en 1565, et en juin 1566, ils eurent un fils, James. En février 1567, la résidence de Darnley est détruite par une explosion et il est retrouvé assassiné dans le jardin. On croyait généralement que James Hepburn, 4e comte de Bothwell , avait orchestré la mort de Darnley, mais il fut acquitté de l'accusation en avril 1567 et le mois suivant, il épousa Mary. Suite à un soulèvement contre le couple, Mary a été emprisonnée au château de Loch Leven. Le 24 juillet 1567, elle est contrainte d'abdiquer en faveur de son fils âgé d'un an. Après une tentative infructueuse de regagner le trône, elle s'enfuit vers le sud cherchant la protection de sa cousine germaine une fois enlevée, Elizabeth I d'Angleterre. (Elizabeth était la petite-fille d'Henri VII d'Angleterre et Mary était son arrière-petite-fille.)

Mary avait autrefois revendiqué le trône d'Elizabeth comme le sien et était considérée comme la souveraine légitime de l'Angleterre par de nombreux catholiques anglais, y compris les participants à une rébellion connue sous le nom de Rising of the North. Percevant Mary comme une menace, Elizabeth la fit confiner dans divers châteaux et manoirs de l'intérieur de l'Angleterre. Après dix-huit ans et demi de captivité, Mary a été reconnue coupable d'avoir comploté pour assassiner Elizabeth en 1586 et a été décapitée l'année suivante au château de Fotheringhay. La vie, les mariages, la lignée de Mary, son implication présumée dans des complots contre Elizabeth et son exécution ultérieure l'ont établie comme un personnage historique controversé et hautement romancé, représenté dans la culture pendant des siècles.