Isahaya (諫早市, Isahaya-shi) est une ville située dans la préfecture de Nagasaki, au Japon. La ville a été fondée le 1er septembre 1940. Au 1er septembre 2021, la ville a une population estimée à 133 115 et une densité de population de 389 personnes par km². La superficie totale est de 341,79 km2 (131,97 milles carrés).

Le 1er mars 2005, les villes de Tarami, Moriyama, Iimori, Takaki et Konagai (toutes du district de Kitatakaki) ont fusionné pour créer la nouvelle ville agrandie d'Isahaya. La ville faisait autrefois partie du district de Kitatakaki, mais en raison de cette fusion, le district n'a plus de municipalités et le district a été officiellement dissous.