Des élections présidentielles ont eu lieu en Indonésie le 5 juillet 2004, avec un second tour le 20 septembre. Il s'agissait des premières élections présidentielles directes du pays ; avant un amendement de 2002 à la Constitution de l'Indonésie, le président et le vice-président étaient élus par l'Assemblée consultative du peuple (MPR).

En vertu du nouvel amendement, une paire de candidats est élue après avoir reçu plus de 50% des voix au niveau national avec au moins 2% des voix dans plus de la moitié des provinces d'Indonésie. Si aucune paire ne reçoit le nombre de votes requis, l'élection se poursuivra au second tour, les paires recevant le nombre de votes le plus élevé et le deuxième plus élevé. D'autres réglementations établies par la Commission électorale générale (KPU) stipulent que chaque paire doit être nommée par un parti politique ou une coalition de partis ayant obtenu au moins 5% du vote populaire ou 3% des sièges au Conseil représentatif du peuple (DPR) aux élections législatives d'avril.

La présidente sortante, Megawati Sukarnoputri, a prêté serment en 2001 après que la législature a destitué et destitué son prédécesseur, le président Abdurrahman Wahid (souvent connu sous le nom de « Gus Dur »). La candidature de Megawati à la réélection a été contestée par quatre candidats, dont le vice-président sortant Hamzah Haz. Au premier tour, l'ancien membre du cabinet et général à la retraite Susilo Bambang Yudhoyono a reçu une pluralité de bulletins valides soumis, suivi de Megawati. Yudhoyono a finalement battu Megawati avec 60,62% des bulletins valides au deuxième tour. Il a été inauguré en tant que sixième président de l'Indonésie le 20 octobre 2004.