Fort Coligny était une forteresse fondée par Nicolas Durand de Villegaignon à Rio de Janeiro, au Brésil en 1555, dans ce qui constituait l'épisode historique dit de la France Antarctique.

Pour se protéger des attaques des Indiens hostiles et des Portugais, Villegaignon fit construire la forteresse avec l'aide des 500 colons qui voyageaient avec lui dans deux navires armés par le roi de France, sur une petite île appelée Serigipe par les Indiens de la région, près de l'embouchure de la grande baie de Guanabara. L'île était rocheuse et presque stérile, mais servait l'objectif de Villegaignon d'être près du rivage, tout en obtenant une bonne position défensive contre les attaques de la mer et de la terre.

La forteresse tomba et fut détruite le 17 mars 1560, sous le siège de la marine portugaise et des troupes sous le commandement de Mem de Sá, troisième gouverneur général du Brésil. Villegaignon était déjà rentré en France, en 1558.

La forteresse a été nommée ainsi en l'honneur du partisan et ami de Villegaignon, l'amiral français et chef des Huguenots, Gaspard de Coligny. Après la fondation de Rio de Janeiro en 1565 par Estácio de Sá et l'expulsion des Français en 1567 une nouvelle forteresse y fut construite par les Portugais, afin de défendre l'embouchure de la baie de Guanabara, en croisant le feu avec deux autres forteresses, Guajará et Santa Cruz. Cette forteresse fut presque totalement détruite par un bombardement lors d'une révolte de la Marine, en 1893. Aujourd'hui, l'île, qui fut rebaptisée Île de Villegaignon, abrite l'École navale depuis 1938, et est désormais reliée en permanence au continent, à proximité de la Aéroport Santos Dumont.