Une nouvelle souche de la bactérie Escherichia coli O104:H4 a provoqué une grave épidémie de maladie d'origine alimentaire concentrée dans le nord de l'Allemagne de mai à juin 2011. La maladie était caractérisée par une diarrhée sanglante, avec une fréquence élevée de complications graves, y compris le syndrome hémolytique et urémique (SHU). ), une condition qui nécessite un traitement urgent. On pensait à l'origine que l'épidémie avait été causée par une souche entérohémorragique (EHEC) d'E. coli, mais il a été démontré plus tard qu'elle avait été causée par une souche entéroaggrégative d'E. coli (EAEC) qui avait acquis les gènes pour produire des toxines Shiga, présent dans les germes de fenugrec bio.

Le travail épidémiologique sur le terrain a suggéré que les légumes frais étaient la source de l'infection. Le ministre de l'Agriculture de Basse-Saxe a identifié une ferme biologique à Bienenbüttel, Basse-Saxe, Allemagne, qui produit une variété d'aliments germés, comme la source probable de l'épidémie d'E. coli. La ferme a été fermée. Bien que les laboratoires de Basse-Saxe n'aient pas détecté la bactérie dans les produits, un laboratoire de Rhénanie du Nord-Westphalie a découvert plus tard la souche de l'éclosion dans un emballage de germes jeté de la ferme suspecte. Une enquête de contrôle a confirmé que la ferme était à l'origine du foyer. Le 30 juin 2011, le Bundesinstitut für Risikobewertung (BfR) (Institut fédéral d'évaluation des risques), un institut du ministère fédéral allemand de l'alimentation, de l'agriculture et de la protection des consommateurs, a annoncé que les graines de fenugrec biologique importées d'Égypte étaient probablement la source de l'épidémie. Au total, 3 950 personnes ont été touchées et 53 sont décédées, dont 51 en Allemagne. 800 personnes ont souffert du syndrome hémolytique et urémique (SHU), qui peut entraîner une insuffisance rénale. Une poignée de cas ont été signalés dans plusieurs autres pays, dont la Suisse, la Pologne, les Pays-Bas, la Suède, le Danemark, le Royaume-Uni, le Canada et les États-Unis. Essentiellement, toutes les personnes touchées avaient été en Allemagne ou en France peu de temps avant de tomber malades.

Initialement, les autorités allemandes ont fait des déclarations incorrectes sur l'origine et la souche probables d'Escherichia coli. Les autorités sanitaires allemandes, sans résultats des tests en cours, ont lié à tort le sérotype O104 aux concombres importés d'Espagne. Plus tard, ils ont reconnu que les serres espagnoles n'étaient pas la source des échantillons d'E. coli et de concombre ne contenaient pas la variante spécifique d'E. coli à l'origine de l'épidémie. L'Espagne a par conséquent exprimé sa colère à l'idée que ses produits soient liés à l'épidémie mortelle d'E. coli, qui a coûté aux exportateurs espagnols 200 millions de dollars par semaine. La Russie a interdit l'importation de tous les légumes frais en provenance de l'Union européenne de début juin au 22 juin 2011.