La bataille navale de Hakodate (函館湾海戦, Hakodatewan Kaisen) s'est déroulée du 4 au 10 mai 1869, entre les restes de la marine du shogunat Tokugawa, regroupés dans les forces armées de la République rebelle d'Ezo, et la marine impériale japonaise nouvellement formée. C'était l'une des dernières étapes de la bataille de Hakodate pendant la guerre de Boshin et s'est produite près de Hakodate dans l'île japonaise du nord de Hokkaidō.