L'occupation militaire de la Tchécoslovaquie par l'Allemagne nazie a commencé avec l'annexion allemande des Sudètes en 1938, s'est poursuivie avec la création du protectorat de Bohême et de Moravie et, à la fin de 1944, s'est étendue à toutes les régions de la Tchécoslovaquie.

Suite à l'Anschluss de l'Autriche à l'Allemagne nazie en mars 1938 et après avoir obtenu les accords de Munich en septembre 1938, Adolf Hitler annexa les Allemands de souche vivant dans les régions tchèques. La perte des Sudètes a été préjudiciable à la défense de la Tchécoslovaquie car les vastes fortifications frontalières tchécoslovaques étaient également situées dans la même zone. En conséquence, l'incorporation des Sudètes à l'Allemagne qui a commencé le 1er octobre 1938 a laissé le reste de la Tchécoslovaquie faible. De plus, une petite partie nord-est de la région frontalière connue sous le nom de Zaolzie a été occupée et annexée à la Pologne apparemment pour « protéger » la communauté ethnique polonaise locale et à la suite de revendications territoriales antérieures (différends tchéco-polonais dans les années 191820). En outre, par le premier prix de Vienne, la Hongrie a reçu les territoires méridionaux de la Slovaquie et de la Ruthénie des Carpates, qui étaient en grande partie habités par des Hongrois.

Lorsque l'État slovaque a été proclamé le 14 mars, le lendemain, la Hongrie a occupé et annexé le reste de la Ruthénie des Carpates. Le 15 mars 1939, lors d'une visite à Berlin, le président tchécoslovaque Emil Hcha est contraint de renoncer à l'indépendance de son pays. Le 16 mars 1939, Hitler proclama le protectorat de Bohême et de Moravie depuis le château de Prague, laissant Hcha comme chef d'État technique avec le titre de président de l'État. Cependant, il a été rendu presque impuissant; le vrai pouvoir était dévolu au Reichsprotektor, qui était le représentant personnel d'Hitler. En mars 1944, lors de l'opération Margaret, la Hongrie fut occupée par l'Allemagne, tout en commençant fin août 1944 avec le soulèvement national slovaque, la Slovaquie partagea le même sort. L'occupation a pris fin avec la capitulation de l'Allemagne après la Seconde Guerre mondiale. Pendant l'occupation allemande, entre 294 000 et 320 000 citoyens (y compris des Juifs, constituant la plupart des victimes) ont été assassinés. Les représailles ont été particulièrement dures à la suite de l'assassinat de Reinhard Heydrich (par exemple, le tristement célèbre et largement publié massacre de Lidice). Un grand nombre de personnes ont été enrôlées pour le travail des esclaves en Allemagne.

Le soulèvement de Prague ( tchèque : Pražské povstání ) a été une tentative partiellement réussie de la résistance tchèque de libérer la ville de Prague de l'occupation allemande en mai 1945, à la fin de la Seconde Guerre mondiale . Les six années d'occupation précédentes avaient alimenté le sentiment anti-allemand et l'approche de l'Armée rouge soviétique et de la Troisième armée américaine offrait une chance de succès.

Le 5 mai 1945, dans les derniers instants de la guerre en Europe, les citoyens tchèques attaquent spontanément les occupants allemands et les chefs de la résistance tchèque sortent de leur cachette pour rejoindre le soulèvement. L'Armée de libération russe, qui s'était battue pour les Allemands, a fait défection et a soutenu les Tchèques. Les troupes allemandes ont contre-attaqué, mais leur progression a été ralentie par des barricades construites par les citoyens tchèques. Le 8 mai, les dirigeants tchèques et allemands ont signé un cessez-le-feu permettant aux forces allemandes de se retirer de la ville, mais toutes les unités Waffen-SS n'ont pas obéi. Les combats se sont poursuivis jusqu'au 9 mai, lorsque l'Armée rouge est entrée dans la ville presque libérée.

Le soulèvement a été brutal, les deux parties ayant commis des crimes de guerre. La partie allemande a utilisé des civils tchèques comme boucliers humains et a commis des massacres. La violence contre les civils allemands, sanctionnée par le gouvernement tchécoslovaque, s'est poursuivie après la libération et a été justifiée comme vengeance de l'occupation ou comme moyen d'inciter les Allemands à fuir. La troisième armée américaine de George Patton a reçu l'ordre du général Dwight Eisenhower de ne pas venir en aide aux insurgés tchèques, ce qui a sapé la crédibilité des puissances occidentales dans la Tchécoslovaquie d'après-guerre. Au lieu de cela, le soulèvement a été présenté comme un symbole de la résistance tchèque au régime nazi, et la libération par l'Armée rouge a été utilisée par le Parti communiste tchécoslovaque pour accroître le soutien populaire au parti.