Le 7 mai 1999, lors du bombardement de la Yougoslavie par l'OTAN (opération Allied Force), cinq bombes guidées de munitions d'attaque directe interarmées américaines ont frappé l'ambassade de la République populaire de Chine dans le quartier de Belgrade à New Belgrade, tuant trois journalistes des médias d'État chinois et scandalisant le public chinois. Selon le gouvernement américain, l'intention était de bombarder la Direction fédérale yougoslave de l'approvisionnement et de l'approvisionnement (FDSP) située à proximité. Le président Bill Clinton s'est excusé pour l'attentat à la bombe, déclarant qu'il s'agissait d'un accident. Le directeur de la Central Intelligence Agency (CIA), George Tenet, a témoigné devant un comité du Congrès que l'attentat à la bombe était le seul de la campagne organisée et dirigée par son agence, et que la CIA avait identifié les mauvaises coordonnées d'une cible militaire yougoslave dans la même rue. Le gouvernement chinois a publié une déclaration le jour de l'attentat, déclarant qu'il s'agissait d'un "acte barbare". En octobre 1999, cinq mois après l'attentat, The Observer de Londres et Politiken de Copenhague ont publié les résultats d'une enquête citant des sources anonymes qui ont déclaré que l'attentat à la bombe était en fait délibéré car l'ambassade était utilisée pour transmettre des communications de l'armée yougoslave. Les gouvernements des États-Unis et du Royaume-Uni ont catégoriquement nié qu'elle était délibérée, la secrétaire d'État américaine Madeleine Albright qualifiant l'histoire de "balderdash" et le secrétaire britannique aux Affaires étrangères Robin Cook affirmant qu'il n'y avait "pas la moindre preuve" pour l'étayer. En avril 2000, le New York Times a publié les résultats de sa propre enquête pour lesquels, "l'enquête n'a produit aucune preuve que le bombardement de l'ambassade avait été un acte délibéré." Juste après le bombardement, la plupart des Chinois pensaient que c'était délibéré et beaucoup continuent croire que c'était délibéré; cependant, dans les résultats d'entretiens structurés menés en 2002, sur les 57% d'experts chinois des relations sino-américaines qui pensaient que l'attentat était délibéré, 87,5% ne soupçonnaient pas l'implication du président Clinton. En août 1999, les États-Unis ont accepté d'indemniser les victimes des bombardements et leurs familles. En décembre 1999, les États-Unis ont accepté de payer à la Chine les dommages causés à l'ambassade et la Chine a accepté d'indemniser les États-Unis pour les dommages aux biens américains survenus lors des manifestations. En mai 2000, un important projet de loi commercial américano-chinois a été adopté par les États-Unis Chambre des représentants qui est devenue le United StatesChina Relations Act de 2000 s'intégrant avec l'entrée de la Chine dans l'Organisation mondiale du commerce. En juin 2000, lors d'une visite en Chine de la secrétaire d'État américaine Madeleine Albright, les deux parties ont déclaré que leurs relations s'étaient améliorées.

La guerre du Kosovo était un conflit armé au Kosovo qui a commencé le 28 février 1998 et a duré jusqu'au 11 juin 1999. Elle a été menée par les forces de la République fédérale de Yougoslavie (c'est-à-dire la Serbie et le Monténégro), qui contrôlaient le Kosovo avant la guerre, et le Kosovo Groupe rebelle albanais connu sous le nom d'Armée de libération du Kosovo (UCK). Le conflit a pris fin lorsque l'Organisation du Traité de l'Atlantique Nord (OTAN) est intervenue en lançant des frappes aériennes en mars 1999, ce qui a entraîné le retrait des forces yougoslaves du Kosovo.

L'UCK s'est formée au début des années 1990 pour lutter contre la persécution serbe des Albanais du Kosovo. L'UCK a lancé sa première campagne en 1995 lorsqu'elle a lancé des attaques contre les forces de l'ordre serbes au Kosovo. En juin 1996, le groupe a revendiqué des actes de sabotage visant des commissariats de police du Kosovo, lors de l'insurrection du Kosovo. En 1997, l'organisation a acquis une grande quantité d'armes grâce à la contrebande d'armes en provenance d'Albanie, à la suite d'une rébellion au cours de laquelle des armes ont été pillées dans les postes de police et de l'armée du pays. Au début de 1998, les attaques de l'UCK visant les autorités yougoslaves au Kosovo ont entraîné une présence accrue de paramilitaires et de forces régulières serbes qui ont ensuite commencé à poursuivre une campagne de représailles ciblant les sympathisants et les opposants politiques de l'UCK; cette campagne a tué 1 500 à 2 000 civils et combattants de l'UCK. Après l'échec des tentatives de solution diplomatique, l'OTAN est intervenue, justifiant la campagne comme une « guerre humanitaire ». Cela a précipité une expulsion massive d'Albanais du Kosovo alors que les forces yougoslaves continuaient à se battre pendant le bombardement aérien de la Yougoslavie (mars-juin 1999). En 2000, des enquêtes avaient permis de retrouver les restes de près de trois mille victimes de toutes les ethnies et, en 2001, une Cour suprême administrée par les Nations Unies, basée au Kosovo, a constaté qu'il y avait eu « une campagne systématique de terreur, comprenant des meurtres, des viols, des incendies criminels et des graves mauvais traitements", mais que les troupes yougoslaves avaient tenté de déplacer plutôt que d'éradiquer la population albanaise. La guerre s'est terminée avec le traité de Kumanovo, les forces yougoslaves et serbes acceptant de se retirer du Kosovo pour faire place à une présence internationale. L'Armée de libération du Kosovo s'est dissoute peu de temps après, certains de ses membres se battant pour l'UÇPMB dans la vallée de Preševo ​​et d'autres rejoignant l'Armée de libération nationale (ALN) et l'Armée nationale albanaise (ANA) pendant le conflit ethnique armé en Macédoine. tandis que d'autres ont formé la police du Kosovo. Après la guerre, une liste a été compilée qui documente que plus de 13 500 personnes ont été tuées ou portées disparues au cours des deux années de conflit. Les forces yougoslaves et serbes ont provoqué le déplacement de 1,2 à 1,45 million d'Albanais du Kosovo. Après la guerre, environ 200 000 Serbes, Roms et autres non-Albanais ont fui le Kosovo et de nombreux civils restants ont été victimes d'abus. La campagne de bombardement de l'OTAN est restée controversée. Il n'a pas obtenu l'approbation du Conseil de sécurité de l'ONU et a causé la mort d'au moins 488 civils yougoslaves, dont un nombre important de réfugiés kosovars.