João Álvares Fagundes (né vers 1460, Royaume du Portugal - décédé en 1522, Royaume du Portugal), était un explorateur et armateur de Viana do Castelo dans le nord du Portugal. Il organisa plusieurs expéditions à Terre-Neuve et en Nouvelle-Écosse vers 1520-1521.

Fagundes, avec son second capitaine Pêro de Barcelos, et accompagné de colons (principalement des Açores et certains du Portugal continental), a exploré les îles de Saint-Paul près du Cap-Breton, l'île de Sable, l'île Penguin (maintenant connue sous le nom de Funk Island), Burgeo et Saint Pierre et Miquelon. Il nomma ces dernières îles les onze mille vierges, en l'honneur de sainte Ursule. Le roi Manuel Ier du Portugal donna à Fagundes les droits exclusifs et la propriété de ses découvertes le 13 mars 1521.

En 1607, Samuel de Champlain a identifié les restes d'une grande croix ("une vieille croix, toute couverte de mousse et presque entièrement pourrie") à ce qui est maintenant Advocate Harbour, en Nouvelle-Écosse, sur le bassin Minas. Certains historiens ont attribué la croix à Fagundes, qui est présumé avoir visité l'endroit quelque huit décennies plus tôt.