L'Holocauste en Lituanie a entraîné la destruction quasi totale des Juifs lituaniens (Litvaks) et polonais, vivant à Generalbezirk Litauen du Reichskommissariat Ostland au sein de la RSS de Lituanie contrôlée par les nazis. Sur environ 208 000 à 210 000 Juifs, on estime que 190 000 à 195 000 ont été assassinés avant la fin de la Seconde Guerre mondiale, la plupart entre juin et décembre 1941. Plus de 95 % de la population juive de Lituanie a été massacrée au cours des trois années d'occupation allemande, un plus destruction complète que n'importe quel autre pays touché par l'Holocauste. Les historiens attribuent cela à la collaboration massive au génocide des paramilitaires locaux non juifs, bien que les raisons de cette collaboration soient encore débattues. L'Holocauste a entraîné la plus grande perte de vies humaines en si peu de temps dans l'histoire de la Lituanie. Les événements qui ont eu lieu dans les régions occidentales de l'URSS occupées par l'Allemagne nazie dans les premières semaines après l'invasion allemande, y compris La Lituanie, a marqué la forte intensification de l'Holocauste. Un élément important de l'Holocauste en Lituanie était que l'administration allemande nazie occupante a attisé l'antisémitisme en blâmant la récente annexion de la Lituanie par le régime soviétique, un an plus tôt, sur la communauté juive. Un autre facteur important était la grande mesure dans laquelle la conception des nazis s'appuyait sur l'organisation physique, la préparation et l'exécution de leurs ordres par des collaborateurs lituaniens locaux du régime d'occupation nazi. À partir de 2020, le sujet de l'Holocauste en Lituanie et le rôle joué par des Lituaniens dans le génocide, dont plusieurs nationalistes lituaniens notables, reste controversé.