Na Guerra dos Treze Anos, o Conselho Secreto da Confederação Prussiana envia um ato formal de desobediência ao Grão-Mestre.
A Confederação Prussiana (alemão: Preuischer Bund, polonês: Zwizek Pruski) foi uma organização formada em 21 de fevereiro de 1440 em Kwidzyn (então oficialmente Marienwerder) por um grupo de 53 nobres e clérigos e 19 cidades na Prússia, para se opor à arbitrariedade do governo teutônico. Cavaleiros. Foi baseado em uma organização semelhante anterior, a União dos Lagartos, estabelecida em 1397 pelos nobres da Terra de Chemno.
Em 1454, o líder da Confederação, Johannes von Baysen (Jan Bayski), pediu formalmente ao rei Casimiro IV Jagiellon que incorporasse a Prússia ao Reino da Polônia. Isso marcou o início da Guerra dos Treze Anos entre o Estado da Ordem e a Polônia, com as cidades cofinanciando os custos militares deste último.
A Guerra dos Treze Anos (alemão: Dreizehnjähriger Krieg; polonês: wojna trzynastoletnia), também chamada de Guerra das Cidades, foi um conflito travado em 1454-1466 entre a Confederação Prussiana, aliada da Coroa do Reino da Polônia, e a Estado da Ordem Teutônica.
A guerra começou como uma revolta das cidades prussianas e da nobreza local para conquistar a independência dos Cavaleiros Teutônicos. Em 1454, Casimiro IV casou-se com Isabel de Habsburgo e a Confederação Prussiana pediu ajuda ao rei polonês Casimiro IV Jagiellon e se ofereceu para aceitar o rei como protetor em vez da Ordem Teutônica. Quando o rei concordou, a guerra eclodiu entre os partidários da Confederação Prussiana, apoiados pela Polônia, e os partidários do governo dos Cavaleiros Teutônicos.
A Guerra dos Treze Anos terminou com a vitória da Confederação Prussiana e da Polônia e na Segunda Paz de Espinho (1466). Isto foi logo seguido pela Guerra dos Sacerdotes (1467-1479), uma disputa prolongada sobre a independência do Príncipe-Bispado da Prússia de Vármia (Ermland), na qual os Cavaleiros também buscaram a revisão da Paz de Thorn.