O movimento de reforma de Taiping ocupa e faz de Nanjing sua capital até 1864.
A Rebelião Taiping, também conhecida como a Guerra Civil Taiping ou a Revolução Taiping, foi uma enorme rebelião e guerra civil que foi travada na China entre a dinastia Manchu Qing e o Reino Celestial de Taiping Han, liderado por Hakka. Durou de 1850 a 1864, embora após a queda de Tianjing (agora Nanjing) o último exército rebelde não foi exterminado até agosto de 1871, e a rebelião inspiraria mais revoltas, como o Reino Celestial de curta duração do Grande Mingshun em 1903 , que foi diretamente inspirado no Taiping. Depois de travar a guerra civil mais sangrenta da história mundial, com 20 a 30 milhões de mortos, o governo Qing estabelecido venceu decisivamente, embora com um grande preço para sua estrutura fiscal e política.
A revolta foi comandada por Hong Xiuquan, uma etnia Hakka (um subgrupo Han) e o autoproclamado irmão de Jesus Cristo. Seus objetivos eram religiosos, nacionalistas e políticos por natureza; Hong procurou a conversão do povo Han à versão sincrética do cristianismo de Taiping, para derrubar a dinastia Qing liderada pelos manchus e uma transformação do estado. Em vez de suplantar a classe dominante, os Taipings procuraram derrubar a ordem moral e social da China. Os Taipings estabeleceram o Reino Celestial como um estado de oposição baseado em Tianjing e ganharam o controle de uma parte significativa do sul da China, expandindo-se para comandar uma base populacional de quase 30 milhões de pessoas.
Por mais de uma década, os exércitos de Taiping ocuparam e lutaram em grande parte do médio e baixo vale do Yangtze, acabando por evoluir para uma guerra civil total. Foi a maior guerra na China desde a Transição Ming-Qing, envolvendo a maior parte do centro e do sul da China. É classificada como uma das guerras mais sangrentas da história da humanidade, a guerra civil mais sangrenta e o maior conflito do século XIX. Em termos de mortes, a guerra civil é comparável à Primeira Guerra Mundial. 30 milhões de pessoas fugiram das regiões conquistadas para assentamentos estrangeiros ou outras partes da China. A guerra contou com extrema brutalidade em ambos os lados. Soldados Taiping realizaram massacres generalizados de Manchus, a minoria étnica da governante Casa Imperial de Aisin-Gioro. Enquanto isso, o governo Qing também se envolveu em massacres, principalmente contra a população civil da capital de Taiping, Nanjing.
Enfraquecidos severamente por uma tentativa de golpe (o incidente de Tianjing) e o fracasso do cerco de Pequim, os Taipings foram derrotados por exércitos irregulares e descentralizados, como o Exército Xiang comandado por Zeng Guofan. Já tendo descido o rio Yangtze e recapturado a importante cidade de Anqing, o Exército Xiang de Zeng sitiou Nanjing em maio de 1862. Dois anos depois, em 1º de junho de 1864, Hong Xiuquan morreu e Nanjing caiu durante a Terceira Batalha de Nanjing, apenas um mês depois. A guerra civil de 14 anos, juntamente com outras guerras internas e externas na mesma época, enfraqueceu muito a dinastia Qing, que entraria em colapso menos de 50 anos depois. Isso exacerbou a tensão sectária e acelerou a ascensão do regionalismo, já que tanto as rebeliões quanto o governo Qing dependiam do corpo de milícia civil conhecido como Tuanlian, prenunciando a Era dos Senhores da Guerra, que viria depois que outro Hakka, Sun Yat-Sen, derrubou os Qing em 1911. Revolução Xinhai, mas não conseguiu controlar esses grupos de milícias locais após a morte de Yuan Shikai após o estabelecimento da República da China.