A Guerra Civil do Sudão do Sul foi uma guerra civil multifacetada no Sudão do Sul entre forças do governo e forças da oposição. Em dezembro de 2013, o presidente Kiir acusou seu ex-vice Riek Machar e dez outros de tentar um golpe de estado. Machar negou a tentativa de golpe e fugiu para liderar o SPLM – na oposição (SPLM-IO). Os combates eclodiram entre o Movimento de Libertação Popular do Sudão (SPLM) e o SPLM-IO, iniciando a guerra civil. Tropas de Uganda foram enviadas para lutar ao lado do governo do Sudão do Sul. As Nações Unidas têm forças de paz no país como parte da Missão das Nações Unidas no Sudão do Sul (UNMISS). Em janeiro de 2014 foi alcançado o primeiro acordo de cessar-fogo. Os combates continuaram e seriam seguidos por vários outros acordos de cessar-fogo. As negociações foram mediadas pela "IGAD +" (que inclui as oito nações regionais chamadas Autoridade Intergovernamental para o Desenvolvimento, bem como a União Africana, Nações Unidas, China, UE, EUA, Reino Unido e Noruega). Um acordo de paz conhecido como "Acordo de Compromisso de Paz" foi assinado em agosto de 2015. Machar retornou a Juba em 2016 e foi nomeado vice-presidente. Após uma segunda fuga de combates dentro de Juba, o SPLM-IO fugiu para a região circundante e anteriormente pacífica de Equatoria. Kiir substituiu Machar como primeiro vice-presidente por Taban Deng Gai, dividindo a oposição, e a luta entre os rebeldes tornou-se uma parte importante do conflito. A rivalidade entre as facções Dinka lideradas pelo presidente e Paul Malong Awan também levou à luta. Em agosto de 2018, outro acordo de compartilhamento de energia entrou em vigor. Em 22 de fevereiro de 2020, os rivais Kiir e Machar fecharam um acordo de unidade e formaram um governo de coalizão. Estima-se que cerca de 400.000 pessoas foram mortas na guerra até abril de 2018, incluindo atrocidades notáveis, como o massacre de Bentiu em 2014. Embora os dois homens tivessem apoiadores de todas as divisões étnicas do Sudão do Sul, os combates subsequentes tiveram conotações étnicas. O grupo étnico Dinka de Kiir foi acusado de atacar outros grupos étnicos e o grupo étnico Nuer de Machar foi acusado de atacar os Dinka. Mais de 4 milhões de pessoas foram deslocadas, com cerca de 1,8 milhão de deslocados internos e cerca de 2,5 milhões fugindo para países vizinhos, especialmente Uganda e Sudão. Os combates no centro agrícola do sul do país fizeram com que o número de pessoas passando fome subisse para 6 milhões, causando fome em 2017 em algumas áreas. A economia do país também foi devastada. De acordo com o FMI em outubro de 2017, a renda real caiu pela metade desde 2013 e a inflação foi superior a 300% ao ano.