Isahaya (諫早市, Isahaya-shi) é uma cidade localizada na província de Nagasaki, Japão. A cidade foi fundada em 1º de setembro de 1940. Em 1º de setembro de 2021, a cidade tem uma população estimada de 133.115 habitantes e uma densidade populacional de 389 pessoas por km². A área total é de 341,79 km2 (131,97 MI quadrado).

Em 1 de março de 2005, as cidades de Tarami, Moriyama, Iimori, Takaki e Konagai (todas do distrito de Kitatakaki) foram fundidas para criar a nova e expandida cidade de Isahaya. A cidade já fez parte do distrito de Kitatakaki, mas devido a essa fusão, o distrito não tem mais municípios e o distrito foi oficialmente dissolvido.