As eleições presidenciais foram realizadas na Indonésia em 5 de julho de 2004, com um segundo turno em 20 de setembro. Foram as primeiras eleições presidenciais diretas do país; antes de uma emenda de 2002 à Constituição da Indonésia, o Presidente e o Vice-Presidente haviam sido eleitos pela Assembleia Consultiva do Povo (MPR).

Sob a nova emenda, um par de candidatos é eleito após receber mais de 50% dos votos nacionalmente com pelo menos 2% dos votos em mais da metade das províncias da Indonésia. Se nenhuma dupla receber o número de votos necessários, a eleição continuará no segundo turno com as duplas recebendo o maior e o segundo maior número de votos. Outros regulamentos estabelecidos pela Comissão Geral Eleitoral (KPU) afirmam que cada par deve ser indicado por um partido político ou coalizão de partidos que recebeu pelo menos 5% do voto popular ou 3% dos assentos no Conselho Representativo do Povo (DPR) nas eleições legislativas de abril.

A presidente em exercício, Megawati Sukarnoputri, assumiu o cargo em 2001, depois que a legislatura fez um impeachment e removeu seu antecessor, o presidente Abdurrahman Wahid (muitas vezes conhecido como "Gus Dur"), do cargo. A tentativa de reeleição de Megawati foi contestada por quatro candidatos, incluindo o vice-presidente em exercício Hamzah Haz. No primeiro turno, o ex-membro do gabinete e general aposentado Susilo Bambang Yudhoyono recebeu uma pluralidade de votos válidos apresentados, seguido por Megawati. Yudhoyono acabou derrotando Megawati com 60,62% dos votos válidos no segundo turno. Ele foi empossado como o sexto presidente da Indonésia em 20 de outubro de 2004.