Em 7 de maio de 1999, durante o bombardeio da OTAN à Iugoslávia (Operação Força Aliada), cinco bombas guiadas de Munição de Ataque Direto Conjunta dos EUA atingiram a embaixada da República Popular da China no distrito de Belgrado em Nova Belgrado, matando três jornalistas da mídia estatal chinesa e indignando o público chinês. De acordo com o governo dos EUA, a intenção era bombardear a vizinha Direcção Federal Jugoslava de Abastecimento e Compras (FDSP). O presidente Bill Clinton pediu desculpas pelo atentado, afirmando que foi um acidente. O diretor da Agência Central de Inteligência (CIA) George Tenet testemunhou perante um comitê do Congresso que o atentado foi o único na campanha organizada e dirigida por sua agência, e que a CIA havia identificado as coordenadas erradas para um alvo militar iugoslavo na mesma rua. O governo chinês emitiu um comunicado no dia do atentado, afirmando que foi um "ato bárbaro". fontes anônimas que diziam que o atentado foi realmente deliberado, pois a Embaixada estava sendo usada para transmitir comunicações do exército iugoslavo. Os governos dos EUA e do Reino Unido negaram enfaticamente que fosse deliberado, com a secretária de Estado dos EUA, Madeleine Albright, chamando a história de "foda" e o secretário de Relações Exteriores britânico, Robin Cook, dizendo que "não havia um único fragmento de evidência" para apoiá-la. Em abril de 2000, o New York Times publicou os resultados de sua própria investigação para a qual "a investigação não produziu nenhuma evidência de que o bombardeio da embaixada tenha sido um ato deliberado". acreditar que foi deliberado; no entanto, nos resultados de entrevistas estruturadas realizadas em 2002, dos 57% dos especialistas chineses em relações sino-americanas que acreditavam que o atentado foi deliberado, 87,5% não suspeitavam do envolvimento do presidente Clinton. Em agosto de 1999, os Estados Unidos concordaram em compensar os vítimas do atentado e suas famílias. Em dezembro de 1999, os Estados Unidos concordaram em pagar à China pelos danos à embaixada e a China concordou em indenizar os Estados Unidos por danos à propriedade norte-americana ocorridos durante as manifestações. Câmara dos Representantes que se tornou a Lei de Relações com a China dos Estados Unidos de 2000 integrando-se com a entrada da China na Organização Mundial do Comércio. Em junho de 2000, durante uma visita à China da Secretária de Estado dos EUA, Madeleine Albright, ambos os lados disseram que as relações entre eles haviam melhorado.

A Guerra do Kosovo foi um conflito armado no Kosovo que começou em 28 de fevereiro de 1998 e durou até 11 de junho de 1999. Foi travado pelas forças da República Federativa da Iugoslávia (ou seja, Sérvia e Montenegro), que controlava Kosovo antes da guerra, e o Kosovo Grupo rebelde albanês conhecido como Exército de Libertação do Kosovo (KLA). O conflito terminou quando a Organização do Tratado do Atlântico Norte (OTAN) interveio iniciando ataques aéreos em março de 1999, que resultaram na retirada das forças iugoslavas de Kosovo.

O KLA foi formado no início da década de 1990 para lutar contra a perseguição sérvia aos albaneses do Kosovo. O KLA iniciou sua primeira campanha em 1995, quando lançou ataques contra a aplicação da lei sérvia em Kosovo. Em junho de 1996, o grupo reivindicou a responsabilidade por atos de sabotagem contra delegacias de polícia de Kosovo, durante a Insurgência de Kosovo. Em 1997, a organização adquiriu uma grande quantidade de armas por meio do contrabando de armas da Albânia, após uma rebelião na qual armas foram saqueadas da polícia e dos postos do exército do país. No início de 1998, os ataques do ELK contra autoridades iugoslavas em Kosovo resultaram em um aumento da presença de paramilitares e forças regulares sérvias que, posteriormente, começaram a perseguir uma campanha de retaliação contra simpatizantes do ELK e oponentes políticos; esta campanha matou 1.500 a 2.000 civis e combatentes do ELK. Depois que as tentativas de uma solução diplomática falharam, a OTAN interveio, justificando a campanha como uma "guerra humanitária". Isso precipitou uma expulsão em massa de albaneses kosovares, pois as forças iugoslavas continuaram a lutar durante o bombardeio aéreo da Iugoslávia (março-junho de 1999). Em 2000, as investigações haviam recuperado os restos mortais de quase três mil vítimas de todas as etnias e, em 2001, uma Suprema Corte administrada pelas Nações Unidas, com sede em Kosovo, descobriu que havia "uma campanha sistemática de terror, incluindo assassinatos, estupros, incêndios maus-tratos graves", mas que as tropas iugoslavas tentaram remover em vez de erradicar a população albanesa. A guerra terminou com o Tratado de Kumanovo, com as forças iugoslavas e sérvias concordando em se retirar do Kosovo para abrir caminho para uma presença internacional. O Exército de Libertação do Kosovo se desfez logo depois disso, com alguns de seus membros lutando pelo UÇPMB no Vale do Preševo ​​e outros se juntando ao Exército de Libertação Nacional (NLA) e ao Exército Nacional Albanês (ANA) durante o conflito étnico armado na Macedônia, enquanto outros formaram a Polícia do Kosovo. Após a guerra, foi compilada uma lista que documentou que mais de 13.500 pessoas foram mortas ou desapareceram durante o conflito de dois anos. As forças iugoslavas e sérvias causaram o deslocamento de 1,2 milhão a 1,45 milhão de albaneses do Kosovo. Após a guerra, cerca de 200.000 sérvios, ciganos e outros não albaneses fugiram de Kosovo e muitos dos civis restantes foram vítimas de abuso. A campanha de bombardeios da OTAN permaneceu controversa. Não obteve a aprovação do Conselho de Segurança da ONU e causou pelo menos 488 mortes de civis iugoslavos, incluindo um número substancial de refugiados kosovares.