O Primeiro Concílio de Lyon, o Décimo Terceiro Concílio Ecumênico, ocorreu em 1245. , em 1274. O Papa Gregório X presidiu o concílio, chamado a agir de acordo com a promessa do imperador bizantino Miguel VIII de reunir a igreja oriental com a ocidental. O concílio contou com a presença de cerca de 300 bispos, 60 abades e mais de mil prelados ou seus procuradores, entre os quais os representantes das universidades. Devido ao grande número de participantes, aqueles que vieram a Lyon sem serem especificamente convocados receberam "licença para partir com a bênção de Deus" e do Papa. Entre outros que participaram do conselho estavam Jaime I de Aragão, o embaixador do imperador Miguel VIII Paleólogo com membros do clero grego e os embaixadores de Abaqa Khan do Ilkhanate. Tomás de Aquino foi convocado para o conselho, mas morreu a caminho na Abadia de Fossanova. Boaventura esteve presente nas primeiras quatro sessões, mas morreu em Lyon em 15 de julho de 1274. Como no Primeiro Concílio de Lyon, Thomas Cantilupe foi um participante inglês e capelão papal. os reis da Alemanha, Inglaterra, Escócia, França, Espanha e Sicília estavam presentes, com procuradores também representando os reinos da Noruega, Suécia, Hungria, Boêmia, Polônia e o "reino da Dácia". Nos procedimentos a serem observados no concílio, pela primeira vez as nações apareciam como elementos representados em um concílio eclesiástico, pois já estavam representadas no governo das universidades medievais. Esta inovação marca um degrau para o reconhecimento de ideias coerentes de nacionalidade, que estavam em processo de criação dos estados-nação europeus.

Os principais temas discutidos no concílio foram a conquista da Terra Santa e a união das Igrejas orientais e ocidentais. A primeira sessão ocorreu em 7 de maio de 1274 e foi seguida por cinco sessões adicionais em 18 de maio de 1274, 4 ou 7 de junho de 1274, 6 de julho de 1274, 16 de julho de 1274 e 17 de julho de 1274. Ao final do concílio, 31 constituições foram promulgado. Na segunda sessão, os padres aprovaram o decreto Zelus fidei, que não continha estatutos jurídicos, mas resumia constituições sobre os perigos da Terra Santa, os meios para pagar uma cruzada proposta, a excomunhão de piratas e corsários e daqueles que protegiam com eles ou com eles negociados, uma declaração de paz entre os cristãos, uma concessão de indulgência para aqueles que desejam ir em cruzada, restauração da comunhão com os gregos e a definição da ordem e procedimento a serem observados no concílio. Os gregos cederam na questão do Filioque (duas palavras adicionadas ao Credo Niceno), e a união foi proclamada, mas a união foi mais tarde repudiada por Andrônico II, herdeiro de Miguel VIII. O conselho também reconheceu Rodolfo I como Sacro Imperador Romano, encerrando o interregno.