João Álvares Fagundes (nascido c. 1460, Reino de Portugal – falecido em 1522, Reino de Portugal), foi um explorador e armador de Viana do Castelo no Norte de Portugal. Ele organizou várias expedições à Terra Nova e Nova Escócia por volta de 1520-1521.

Fagundes, juntamente com o seu segundo capitão Pêro de Barcelos, e acompanhado por colonos (principalmente dos Açores e alguns de Portugal Continental), exploraram as ilhas de São Paulo perto do Cabo Bretão, Ilha Sable, Ilha Pinguim (agora conhecida como Ilha Funk), Burgeo, Saint Pierre e Miquelon. Ele nomeou as últimas ilhas como as Onze Mil Virgens, em homenagem a Santa Úrsula. O rei Manuel I de Portugal deu a Fagundes direitos exclusivos e propriedade de suas descobertas em 13 de março de 1521.

Em 1607, Samuel de Champlain identificou os restos de uma grande cruz ("uma velha cruz, toda coberta de musgo, e quase totalmente apodrecida") no que hoje é Advocate Harbour, Nova Escócia, na Bacia de Minas. Alguns historiadores atribuem a cruz a Fagundes, que se presume ter visitado o local cerca de oito décadas antes.