O incêndio de Skopje começou em 26 de outubro de 1689 e durou dois dias, queimando grande parte da cidade; apenas algumas estruturas construídas em pedra, como a fortaleza e algumas igrejas e mesquitas, estavam relativamente intactas. O incêndio teve um efeito desastroso na cidade: sua população diminuiu de cerca de 60.000 para cerca de 10.000 e perdeu sua importância regional como centro comercial. Muitos deles se estabeleceram na capital imperial, criando o skp mahallesi (em turco para "bairro de Skopje"). Em 1689, o general austríaco Enea Silvio Piccolomini liderou um exército para capturar Kosovo, Bósnia e Macedônia do Império Otomano.

Ao mesmo tempo, o desenvolvimento bem sucedido de Skopje foi subitamente interrompido em 1689 pela entrada do exército austríaco na Macedônia. Durante o

Guerra austro-turca (1683-1699), as tropas austríacas sob o comando do general Piccolomini penetraram em um avanço imparável no interior da Turquia européia e, depois de tomar a fortaleza de Kaanik, desceram à planície de Skopje. Em 25 de outubro de 1689, eles tomaram Skopje sem muita luta, pois o exército turco e os habitantes haviam deixado a cidade. Por ordem do general Piccolomini, Skopje foi incendiada e a conflagração durou dois dias (26 e 27 de outubro); muitas casas e lojas foram destruídas, mas o pior dano foi no bairro judeu da cidade, onde quase todas as casas de habitação, duas sinagogas e a escola judaica foram destruídas. .

Alguns relatos desses eventos afirmam que Piccolomini arrasou Skopje devido à incapacidade de suas forças de ocupar e governar uma cidade tão longe de sua sede.

Enea Silvio Piccolomini (alemão: Johann Norbert Piccolomini; Estados papais, c. 1650 - Priština ou Skopje, Império Otomano, 9 de novembro de 1689) foi um nobre de Siena cuja linhagem incluía dois papas e que serviu no exército dos Habsburgos de Leopoldo I, Santo Imperador romano. Ele é conhecido por liderar uma campanha contra os otomanos na Bósnia, Macedônia e Kosovo em 1689, e por incendiar Skopje, a atual capital da República da Macedônia do Norte.