Papa Inocêncio IX (em latim: Innocentius IX; italiano: Innocenzo IX; 20 de julho de 1519 – 30 de dezembro de 1591), nascido Giovanni Antonio Facchinetti, foi chefe da Igreja Católica e governante dos Estados papais de 29 de outubro a 30 de dezembro de 1591.

Antes de seu breve papado, ele havia sido canonista, diplomata e administrador-chefe durante o reinado do papa Gregório XIV (r. 1590–1591).