Honduras era habitada por muitos povos indígenas quando os espanhóis chegaram no século XVI. A parte centro-oeste de Honduras era habitada pelos Lencas, a costa centro-norte pelos Tol, a área leste e oeste de Trujillo pelos Pech (ou Paya), os maias e o sumô. Esses grupos autônomos mantinham relações comerciais entre si e com outras populações tão distantes quanto Panamá e México. Honduras tem ruínas de várias cidades que datam do período pré-clássico mesoamericano que mostram o passado pré-colombiano do país.

Para a chegada dos espanhóis, novas cidades foram fundadas como Trujillo, Comayagua, Gracias e Tegucigalpa. A partir da era colonial, o território do que hoje é Honduras foi dedicado à colheita, mineração e pecuária. Após sua independência do Império Espanhol em 1821, a América Central se juntaria ao primeiro Império Mexicano por muito pouco tempo, que cairia em 1823 e seria criada a federação centro-americana, que cairia em 1839. Depois disso, o território hondurenho tornou-se uma nação independente.