O Holocausto na Lituânia resultou na destruição quase total de judeus lituanos (Litvaks) e poloneses, vivendo em Generalbezirk Litauen do Reichskommissariat Ostland dentro da RSS Lituana controlada pelos nazistas. Dos aproximadamente 208.000–210.000 judeus, cerca de 190.000–195.000 foram assassinados antes do fim da Segunda Guerra Mundial, a maioria entre junho e dezembro de 1941. Mais de 95% da população judaica da Lituânia foi massacrada durante os três anos de ocupação alemã—um destruição completa do que aconteceu com qualquer outro país afetado pelo Holocausto. Os historiadores atribuem isso à colaboração maciça no genocídio dos paramilitares locais não judeus, embora as razões para essa colaboração ainda sejam debatidas. O Holocausto resultou na maior perda de vidas de todos os tempos em tão curto período de tempo na história da Lituânia. Os eventos que ocorreram nas regiões ocidentais da URSS ocupadas pela Alemanha nazista nas primeiras semanas após a invasão alemã, incluindo Lituânia, marcou a forte intensificação do Holocausto. Um componente importante do Holocausto na Lituânia foi que a administração nazista alemã de ocupação atiçou o anti-semitismo culpando a comunidade judaica pela recente anexação da Lituânia pelo regime soviético, um ano antes. Outro fator significativo foi a grande extensão em que o design dos nazistas se baseou na organização física, preparação e execução de suas ordens por colaboradores lituanos locais do regime de ocupação nazista. por lituanos no genocídio, incluindo vários nacionalistas lituanos notáveis, permanece controverso.