Территория Миссисипи организована из спорной территории, на которую претендуют как Соединенные Штаты, так и Испания. Он расширен в 1804 году и снова в 1812 году.
Территория Миссисипи была организованной инкорпорированной территорией Соединенных Штатов, существовавшей с 7 апреля 1798 года по 10 декабря 1817 года, когда западная половина территории была принята в состав Союза как штат Миссисипи. Восточная половина была переименована в территорию Алабамы, пока 14 декабря 1819 года не была принята в состав Союза как штат Алабама. Река Чаттахучи сыграла важную роль в определении границ территории. Население выросло в начале 1800-х годов из поселений, при этом хлопок был важной товарной культурой.