Президентские выборы в Индонезии прошли 5 июля 2004 г., второй тур — 20 сентября. Это были первые прямые президентские выборы в стране; до внесения поправки 2002 г. в Конституцию Индонезии президент и вице-президент избирались Народным консультативным собранием (MPR).

В соответствии с новой поправкой пара кандидатов избирается на должность после получения более 50% голосов на национальном уровне и не менее 2% голосов в более чем половине провинций Индонезии. Если ни одна пара не наберет требуемого количества голосов, выборы будут продолжены во втором туре, где пары наберут наибольшее и второе по величине количество голосов. Дополнительные правила, установленные Генеральной избирательной комиссией (КПУ), гласят, что каждая пара должна быть выдвинута политической партией или коалицией партий, получившей не менее 5% голосов избирателей или 3% мест в Совете народных представителей (ДНР). на апрельских выборах в законодательные органы.

Действующий президент Мегавати Сукарнопутри была приведена к присяге в 2001 году после того, как законодательный орган объявил импичмент и отстранил от должности ее предшественника, президента Абдуррахмана Вахида (часто известного как «Гас Дур»). Заявку Мегавати на переизбрание оспаривали четыре кандидата, в том числе действующий вице-президент Хамза Хаз. В первом туре бывший член кабинета министров и генерал в отставке Сусило Бамбанг Юдхойоно получил множество поданных действительных бюллетеней, за ним последовал Мегавати. Юдхойоно в конце концов победил Мегавати, набрав 60,62% действительных бюллетеней во втором туре. Он был введен в должность шестого президента Индонезии 20 октября 2004 года.