Военная оккупация Чехословакии нацистской Германией началась с аннексией Германией Судетской области в 1938 году, продолжилась созданием Протектората Богемии и Моравии и к концу 1944 года распространилась на все части Чехословакии.

После аншлюса Австрии нацистской Германии в марте 1938 года и после того, как он получил Мюнхенское соглашение в сентябре 1938 года, Адольф Гитлер аннексировал этнических немцев, проживающих в чешских регионах. Потеря Судетской области нанесла ущерб обороне Чехословакии, поскольку в том же районе располагались обширные чехословацкие пограничные укрепления. Как следствие, присоединение Судетской области к Германии, начавшееся 1 октября 1938 года, ослабило остальную часть Чехословакии. Более того, небольшая северо-восточная часть пограничья, известная как Заользье, была оккупирована и присоединена к Польше якобы для «защиты» местной этнической польской общины и в результате прежних территориальных претензий (чешско-польские споры в 1918 г. 20). Кроме того, по Первой Венской премии Венгрия получила южные территории Словакии и Карпатской Руси, населенные в основном венграми.

Когда 14 марта было провозглашено Словацкое государство, на следующий день Венгрия оккупировала и аннексировала оставшуюся часть Карпатской Руси. 15 марта 1939 года во время визита в Берлин президент Чехословакии Эмиль Хча подвергся издевательствам, заставив его отказаться от независимости своей страны. 16 марта 1939 года Гитлер провозгласил протекторат Богемии и Моравии от Пражского Града, оставив Хча техническим главой государства с титулом президента государства. Однако он оказался почти бессильным; реальная власть принадлежала рейхспротектору, который был личным представителем Гитлера. В марте 1944 года во время операции «Маргарита» Венгрия была оккупирована Германией, а в конце августа 1944 года началось Словацкое национальное восстание, Словакию постигла та же участь. Оккупация закончилась капитуляцией Германии после Второй мировой войны. Во время немецкой оккупации было убито от 294 000 до 320 000 граждан (включая евреев, составивших большинство жертв). Репрессии были особенно жестокими после убийства Рейнхарда Гейдриха (например, печально известная и широко освещаемая резня в Лидице). Большое количество людей было призвано на рабский труд в Германии.

Пражское восстание (чеш. Pražské povstání) было частично успешной попыткой чешского сопротивления освободить город Прагу от немецкой оккупации в мае 1945 года, в конце Второй мировой войны. Предыдущие шесть лет оккупации разожгли антинемецкие настроения, и наступление Советской Красной Армии и Третьей армии США давало шанс на успех.

5 мая 1945 года, в последние моменты войны в Европе, чешские граждане спонтанно напали на немецких оккупантов, а лидеры чешского сопротивления вышли из укрытия и присоединились к восстанию. Русская освободительная армия, воевавшая на стороне немцев, дезертировала и поддержала чехов. Немецкие войска контратаковали, но их продвижение было замедлено баррикадами, построенными чешскими гражданами. 8 мая лидеры Чехии и Германии подписали соглашение о прекращении огня, позволяющее немецким войскам уйти из города, но не все подразделения Ваффен-СС подчинились. Бои продолжались до 9 мая, когда Красная Армия вошла в почти освобожденный город.

Восстание было жестоким, обе стороны совершали военные преступления. Немецкая сторона использовала мирных жителей Чехии в качестве живого щита и совершала массовые убийства. Насилие против немецких мирных жителей, санкционированное чехословацким правительством, продолжалось после освобождения и оправдывалось местью за оккупацию или средством побуждения немцев к бегству. Генерал Дуайт Эйзенхауэр приказал Третьей армии США Джорджа Паттона не приходить на помощь чешским повстанцам, что подорвало доверие к западным державам в послевоенной Чехословакии. Вместо этого восстание было представлено как символ чешского сопротивления нацистскому правлению, а освобождение Красной Армией было использовано Коммунистической партией Чехословакии для усиления народной поддержки партии.