7 мая 1999 г. во время бомбардировок Югославии НАТО (операция «Союзнические силы») пять американских управляемых боеприпасов прямого действия попали в посольство Китайской Народной Республики в белградском районе Нового Белграда, убив трех журналистов китайских государственных СМИ и возмутив Китайская публика. По данным правительства США, целью было взорвать близлежащее Югославское федеральное управление снабжения и снабжения (FDSP). Президент Билл Клинтон извинился за взрыв, заявив, что это был несчастный случай. Директор Центрального разведывательного управления (ЦРУ) Джордж Тенет свидетельствовал перед комитетом Конгресса, что взрыв был единственным в кампании, организованной и направленной его агентством, и что ЦРУ определило неправильные координаты югославской военной цели на той же улице. В день взрыва китайское правительство выступило с заявлением, в котором говорилось, что это был «варварский акт». В октябре 1999 года, через пять месяцев после взрыва, The Observer of London вместе с Politiken of Copenhagen опубликовали результаты анонимные источники, которые заявили, что взрыв на самом деле был преднамеренным, поскольку посольство использовалось для передачи сообщений югославской армии. Правительства как США, так и Великобритании категорически отрицали, что это было преднамеренно: госсекретарь США Мадлен Олбрайт назвала эту историю «чушью», а министр иностранных дел Великобритании Робин Кук заявил, что в ее поддержку нет «ни малейшего доказательства». В апреле 2000 г. The New York Times опубликовала результаты собственного расследования, согласно которым «расследование не представило доказательств того, что взрыв посольства был преднамеренным актом». полагать, что это было преднамеренно; однако, по результатам структурированных интервью, проведенных в 2002 г., из 57% китайских экспертов по китайско-американским отношениям, которые считали, что взрыв был преднамеренным, 87,5% не подозревали о причастности президента Клинтона. В августе 1999 г. Соединенные Штаты согласились выплатить компенсацию жертв теракта и их семей. В декабре 1999 года Соединенные Штаты согласились заплатить Китаю за ущерб, нанесенный посольству, а Китай согласился выплатить Соединенным Штатам компенсацию за ущерб, нанесенный имуществу США во время демонстраций. Палата представителей, которая стала Законом об отношениях между США и Китаем 2000 года, интегрировав его со вступлением Китая во Всемирную торговую организацию. К июню 2000 года во время визита в Китай госсекретаря США Мадлен Олбрайт обе стороны заявили, что отношения между ними улучшились.

Косовская война — вооруженный конфликт в Косово, начавшийся 28 февраля 1998 г. и продолжавшийся до 11 июня 1999 г. В нем участвовали силы Союзной Республики Югославии (т. е. Сербии и Черногории), которые до войны контролировали Косово, и косовские Албанская повстанческая группировка, известная как Армия освобождения Косово (ОАК). Конфликт закончился, когда Организация Североатлантического договора (НАТО) вмешалась, начав воздушные удары в марте 1999 года, в результате чего югославские войска были выведены из Косово.

ОАК была сформирована в начале 1990-х годов для борьбы с сербским преследованием косовских албанцев. ОАК инициировала свою первую кампанию в 1995 году, когда она предприняла нападения на сербские правоохранительные органы в Косово. В июне 1996 года группа взяла на себя ответственность за акты саботажа против косовских полицейских участков во время косовского повстанческого движения. В 1997 году организация приобрела большое количество оружия путем контрабанды оружия из Албании после восстания, в ходе которого оружие было разграблено у полицейских и армейских постов страны. В начале 1998 года нападения ОАК на югославские власти в Косово привели к увеличению присутствия сербских военизированных формирований и регулярных сил, которые впоследствии начали кампанию возмездия против сторонников ОАК и политических противников; в этой кампании погибло от 1500 до 2000 мирных жителей и бойцов ОАК. После неудачных попыток дипломатического решения вмешалась НАТО, оправдав кампанию как «гуманитарную войну». Это ускорило массовое изгнание косовских албанцев, поскольку югославские силы продолжали сражаться во время воздушных бомбардировок Югославии (март – июнь 1999 г.). К 2000 году в результате расследования были обнаружены останки почти трех тысяч жертв всех национальностей, а в 2001 году Верховный суд под управлением Организации Объединенных Наций в Косово установил, что имела место «систематическая кампания террора, включая убийства, изнасилования, поджоги и жестокому обращению», но что югославские войска пытались удалить, а не искоренить албанское население. Война закончилась Кумановским договором, когда югославские и сербские силы согласились уйти из Косово, чтобы освободить место для международного присутствия. Вскоре после этого Освободительная армия Косово распалась, и некоторые из ее членов продолжили сражаться на стороне UÇPMB в Прешевской долине, а другие присоединились к Национально-освободительной армии (НОА) и Албанской национальной армии (АНА) во время вооруженного этнического конфликта в Македонии. в то время как другие сформировали косовскую полицию. После войны был составлен список, в котором задокументировано, что за два года конфликта погибло или пропало без вести более 13 500 человек. Югославские и сербские силы вызвали перемещение от 1,2 до 1,45 миллиона косовских албанцев. После войны около 200 000 сербов, цыган и других неалбанцев бежали из Косово, а многие из оставшихся гражданских лиц стали жертвами жестокого обращения. Кампания бомбардировок НАТО остается спорной. Он не получил одобрения Совета Безопасности ООН и привел к гибели не менее 488 югославских мирных жителей, в том числе значительного числа косовских беженцев.