Папа Иннокентий IX (лат. Innocentius IX; итальянский: Innocenzo IX; 20 июля 1519 — 30 декабря 1591), урожденный Джованни Антонио Факкинетти, был главой католической церкви и правителем Папской области с 29 октября по 30 декабря 1591 года.

До своего недолгого папства он был каноническим юристом, дипломатом и главным администратором во время правления Папы Григория XIV (годы правления 1590–1591).