爱尔兰同盟战争和三个王国的战争：邓根山之战：英国议会军队击败了爱尔兰军队。
邓根山战役于 1647 年 8 月 8 日在爱尔兰东部的米斯郡发生。在爱尔兰同盟战争期间，爱尔兰同盟军和英国议会之间进行了战斗。爱尔兰军队在向都柏林进军时被拦截并被摧毁。虽然这是一个鲜为人知的事件，但即使在爱尔兰，这场战斗也非常血腥（死亡人数超过 3000 人），并产生了重要的政治影响。议会在那里的胜利摧毁了联邦伦斯特军，并导致了联邦事业的崩溃和 1649 年克伦威尔对爱尔兰的征服。
爱尔兰同盟战争，也称为十一年战争（来自爱尔兰语：Cogadh na hAon Bhliana Déag），于 1641 年至 1653 年间在爱尔兰发生。它是爱尔兰三国战争的战场，是一系列内战在爱尔兰、英格兰和苏格兰王国——都由查理一世统治。这场冲突涉及政治、宗教和种族方面，涉及治理、土地所有权、宗教自由和宗教歧视。主要问题是爱尔兰天主教徒或英国新教徒是否拥有最多的政治权力并拥有大部分土地，以及爱尔兰是否会成为查理一世统治下的自治王国或隶属于英格兰议会。这是爱尔兰历史上最具破坏性的冲突，导致 200,000-600,000 人死于战斗以及与战争有关的饥荒和疾病。爱尔兰的战争始于 1641 年爱尔兰天主教徒的叛乱，他们试图夺取英国政府的控制权在爱尔兰。他们希望结束反天主教的歧视，加强爱尔兰自治，并推翻爱尔兰种植园。他们还想阻止反天主教的英国议员和苏格兰盟约者的入侵，他们反抗国王。叛乱领袖费利姆·奥尼尔声称是在听从国王的吩咐，但查尔斯在叛乱爆发后谴责了这场叛乱。叛乱发展为一方面是爱尔兰天主教徒，另一方面是英国和苏格兰新教殖民者之间的种族冲突。在最初的几个月里，阿尔斯特发生了种族清洗和大屠杀。
天主教领袖于 1642 年 5 月成立了爱尔兰天主教联盟，该联盟控制和统治着爱尔兰的大部分地区，包括盖尔语和旧英国天主教徒。在接下来的几个月和几年里，同盟国与保皇党人、议员和苏格兰盟约派的军队作战，各方都使用焦土战术。 1642 年中期，关于如何应对叛乱的分歧引发了英国内战。国王授权与同盟国进行秘密谈判，导致 1643 年 9 月同盟国-保皇党停火并进行了进一步的谈判。 1644 年，一支同盟军远征队在苏格兰登陆以帮助那里的保皇党。同盟国继续在爱尔兰与议员们作战，并在本布尔战役中决定性地击败了盟约军。 1647 年，同盟国在邓根山、卡舍尔和诺卡努斯遭遇了国会议员的一连串失败。这促使同盟国与保皇党达成协议。该协议分裂了同盟国，这种内讧阻碍了他们抵抗议会入侵的准备工作。
1649 年 8 月，由奥利弗·克伦威尔率领的英国议会大军入侵爱尔兰。它围攻并占领了同盟-保皇联盟的许多城镇。克伦威尔的军队在袭击德罗赫达和韦克斯福德镇后屠杀了许多士兵和平民。 1650 年 3 月，同盟国首都基尔肯尼被占领，同盟国-保皇党联盟最终在 1652 年 5 月在戈尔韦被俘后被击败。同盟国继续进行游击战，直到 1653 年 4 月。英国人大肆杀戮平民，破坏粮食军队，他们也带来了鼠疫的爆发。
战争结束后，爱尔兰被英联邦占领和吞并，该共和国一直持续到 1660 年。天主教受到镇压，大部分天主教拥有的土地被没收，数以万计的爱尔兰叛军被派往加勒比海或弗吉尼亚作为契约仆人或加入欧洲的天主教军队。