君士坦丁堡大学由狄奥多西二世皇帝在其妻子埃莉亚·尤多西亚的敦促下创立。

狄奥多西二世（希腊语：，音译。狄奥多西；401 年 4 月 10 日至 450 年 7 月 28 日），也被称为小狄奥多西，（拉丁语：小狄奥多西）是罗马皇帝，在 402 年宣布奥古斯都为婴儿并统治408 年他的父亲阿卡狄乌斯去世后，东方帝国唯一的皇帝。他的统治以颁布狄奥多西法典和修建君士坦丁堡狄奥多西城墙为标志。他还主持了两大基督论争论的爆发，即景教和欧提奇教。

君士坦丁堡帝国大学，有时被称为马格瑙拉宫大学（希腊语：Πανδιδακτήριον τῆς Μαγναύρας），是一所东罗马教育机构，其企业起源可以追溯到公元 425 年，当时皇帝狄奥多西二世创立了 Pandidakterion（拜占庭希腊语：Πανδιδακτήριον）。Pandidakterion 于 1046 年由君士坦丁九世 Monomachos 重建，他创建了法律系 (Διδασκαλεῖον τῶν Νόμων) 和哲学系 (Γυμνάσιον)。当时还有各种经济学校、学院、理工学院、图书馆和美术学院在君士坦丁堡市经营。