美菲战争始于马尼拉之战。
马尼拉战役（菲律宾语：Labanan sa Maynila；西班牙语：Batalla de Manila）是菲律宾美国战争的第一次也是最大规模的战役，于 1899 年 2 月 45 日在 19,000 名美国士兵和 15,000 名菲律宾武装民兵之间展开。当美国军队奉命将叛乱分子赶出营地时，武装冲突爆发了，向一群入侵的菲律宾人开火。菲律宾总统埃米利奥·阿吉纳尔多试图促成停火，但美国将军埃尔韦尔·斯蒂芬·奥蒂斯拒绝了，第二天战斗升级。它以美国的胜利告终，尽管小冲突持续了几天。
菲律宾-美国战争或菲律宾-美国战争（现代菲律宾语：Digmaang Pilipino-Amerikano），以前被美国称为菲律宾起义或他加禄起义，是菲律宾第一共和国与美国之间的武装冲突从 1899 年 2 月 4 日持续到 1902 年 7 月 2 日。冲突发生在 1898 年，当时美国不承认菲律宾宣布独立，而是根据与西班牙缔结的《巴黎条约》吞并了菲律宾，以结束西班牙——美国战争。这场战争可以看作是现代菲律宾独立斗争的延续，该斗争始于 1896 年的菲律宾革命反对西班牙，并于 1946 年以美国放弃主权而告终。美国军队与菲律宾共和国军队之间爆发了战斗1899 年 2 月 4 日，被称为 1899 年马尼拉战役。 1899年6月2日，菲律宾第一共和国正式对美宣战。菲律宾总统埃米利奥·阿吉纳尔多于 1901 年 3 月 23 日被捕，美国政府于 1902 年 7 月 2 日正式宣布战争结束，美国取得胜利。然而，一些菲律宾团体——一些由卡蒂普南（Katipunan）的退伍军人领导，这是一个发起反对西班牙革命的菲律宾革命社会——继续与美国军队作战了几年。这些领导人中有马卡里奥·萨凯（Macario Sakay），他是一位资深的卡蒂普南成员，他于 1902 年沿着卡蒂普南线建立（或重新建立）他加禄共和国，与阿吉纳尔多的共和国形成鲜明对比，他自己担任总统。其他团体，包括菲律宾南部的穆斯林摩洛人和准天主教普拉汉宗教运动，在偏远地区继续敌对行动。南部以摩洛人为主的省份的抵抗运动，被美国人称为摩洛叛乱，以他们在 1913 年 6 月 15 日巴德巴格萨克战役中的最终失败而告终。这场战争导致至少 20 万菲律宾平民死亡，其中大部分是由于饥荒和疾病。一些估计平民死亡总数达到一百万。冲突期间发生了暴行和战争罪，包括双方的酷刑、肢解和处决。菲律宾人采用的游击战战术促使美国将许多平民强行转移到集中营，在那里数千人死亡，并发动报复和焦土运动。战争和美国随后的占领改变了这些岛屿的文化，导致新教的兴起和天主教会的解体，并将英语作为政府、教育、商业和工业的主要语言引入这些岛屿。 1902 年，美国国会通过了《菲律宾组织法》，该法案规定成立菲律宾议会，成员由菲律宾男性选举产生（女性直到 1937 年公民投票才有投票权）。该法案被 1916 年琼斯法案（菲律宾自治法案）取代，该法案包含美国政府承诺最终给予菲律宾独立的第一个正式正式声明。 1934 年的泰丁斯-麦克杜菲法案（菲律宾独立法案）于次年创建了菲律宾联邦，加强了自治，并建立了一个走向完全独立的进程（原定于 1944 年，但因二战和日本占领菲律宾而推迟）菲律宾人）。美国最终于 1946 年通过马尼拉条约授予菲律宾完全独立。