在十三年战争中，普鲁士联邦的秘密委员会向最高大师发出了正式的不服从行为。

普鲁士邦联（德语：Preuischer Bund，波兰语：Zwizek Pruski）是一个组织，于 1440 年 2 月 21 日在克维津（当时正式为 Marienwerder）由普鲁士 19 个城市的 53 名贵族和神职人员组成，旨在反对条顿人的专横骑士。它基于一个较早的类似组织，即 1397 年由 Chemno Land 的贵族建立的蜥蜴联盟。

1454年，邦联领袖约翰内斯·冯·贝森（Jan Bayski）正式请求国王卡西米尔四世雅盖隆将普鲁士并入波兰王国。这标志着骑士团所在国家和波兰之间的十三年战争的开始，城市共同为后者的军事费用提供资金。

十三年战争（德语：Dreizehnjähriger Krieg；波兰语：wojna trzynastoletnia），也称为城市战争，是 1454-1466 年与波兰王国结盟的普鲁士联邦和条顿骑士团状态。

这场战争始于普鲁士城市和当地贵族为从条顿骑士团手中赢得独立而起义。 1454 年，卡西米尔四世与哈布斯堡的伊丽莎白结婚，普鲁士联邦向波兰国王卡西米尔四世雅盖隆寻求帮助，并提出接受国王作为保护者而不是条顿骑士团。国王同意后，波兰支持的普鲁士联邦的支持者与条顿骑士团的政府支持者之间爆发了战争。

十三年战争以普鲁士联邦和波兰的胜利以及第二次荆棘和约（1466 年）告终。不久之后发生了牧师战争（1467-1479），这是一场关于普鲁士王子-瓦尔米亚主教区（厄姆兰）独立的旷日持久的争论，骑士们也在其中寻求修订荆棘和平。